Bioindikátor je organismus nebo soubor organismů, užívaný ke sledování určitých vlastností životního prostředí nebo ekosystému. Jako bioindikátor označujeme například organismy, jejichž činnost, populace nebo stav může být použita k posouzení stavu životního prostředí. Příkladem mohou být některé druhy lišejníků, které se vyskytují jen na místech s čistým ovzduším.
Příkladem živočišné bioindikace může být vyhynutí zvířete kvůli nedostatku potravy, které je způsobeno znečištěním. Vyjma měření velikosti populace se vědci zaměřují i na množství toxinů v tkáních nebo množství deformací v populaci. Příkladem může být ledňáček, jepice nebo rak.
Mikroby jako bioindikátory
Mikroby mohou být použity k posuzování čistoty vodních či suchozemských ekosystémů. Protože jsou všude ve vysokém počtu, je jednodušší výsledky srovnávat.