Binární strom je strom ve smyslu používaném v teorii grafů. Jedná se o orientovaný graf s jedním vrcholem (kořenem), z něhož existuje cesta do všech vrcholů grafu. Každý vrchol binárního stromu může mít maximálně dva orientované syny a s výjimkou kořene právě jednoho předka. Kořen předka nemá.
V praktickém programování je obvykle binární strom reprezentován dvěma způsoby:
pomocí dynamické struktury, kde jsou hrany reprezentovány ukazateli. Takto se reprezentuje například AVL-strom. Implementačně mohou mít vrcholy též ukazatel na rodiče, kromě dvou ukazatelů na potomky.
pomocí pole, kde prvek s indexem i má následníky s indexem 2i+1 a 2i+2 (za předpokladu, že pole je indexováno od 0). Takto je například reprezentována halda v algoritmu heapsort.