V roce 1396 se Arnoštovým poručníkem stal nejstarší bratr Vilém, který spolu s dalším bratrem Leopoldem IV. uzavřel tzv. vídeňskou smlouvu, při které se dohodli na společné vládě. Po Vilémově smrti roku 1406 převzal vévodství. S Leopoldem soupeřil o větší vliv, především o poručnictví nad Albrechtem, synem jeho bratrance Albrechta IV. a dědicem rakouského vévodství.[1] Tento spor mezi bratry měl neblahý vliv na jejich vládu, a znamenal posílení moci stavů. V Rakousích byl přičiněním stavů Albrecht roku 1411 prohlášen plnoletým a uznán za zemského knížete.
Samostatný vládce
V roce 1411, po Leopoldově smrti se Arnošt stal jediným pánem Vnitřních Rakous. Svůj vliv chtěl rozšířit také na Tyrolsko, ale to se mu nepovedlo. Byl velice schopný vladař, podporoval stavební činnost a dobře vykonával správu Vnitřních Rakous. V roce 1414 získal titul arcivévody.[1] Nechal vyhotovit první variantu korunovačního klenotu arcivévodů. Zemřel v roce 1424 a byl společně s první manželkou pohřben v cisterciáckémklášteře Rein.