Pocházel ze starého českého rodu Malovců z Malovic, patřil k tzv. vimperské větvi Malovců z Chýnova. Narodil se jako nejmladší syn do početné rodiny Viléma Arnošta Malovce (1664–1720) a jeho manželky Marie Terezie, rozené Račínové z Račína (1670–1742).[1][2] Od mládí působil ve státních službách, v roce 1731 byl jmenován radou apelačního soudu a od roku 1735 byl přísedícím zemského výboru. Za války o rakouské dědictví převzal po francouzsko-bavorské okupaci úřad malostranského hejtmana (1743–1751). V letech 1751–1764 zastával funkci podkomořího Českého království,[3] v souvislosti s reorganizací státní správy byl také radou královské reprezentace. Spolu s bratrem Ferdinandem Ignácem (1695–1760) byl v roce 1760 povýšen do stavu svobodných pánů.[4][5][6]
Po otci byl majitelem panství Zdíkov, k němuž patřila velká část Šumavy.[7] Ve Zdíkově byla rodovým sídlem tvrz přestavěná až v 19. století na zámek. Součástí zdíkovského panství byla mimo jiné Kvilda, kde byl na náklady Arnošta Viléma Malovce postavěn dřevěný kostel sv. Štěpána.[8] Spolu s bratrem Ferdinandem Ignácem vlastnil také panství Skalice-Bohumilice se zámkem. Po bratrově úmrtí v rámci majetkového vyrovnání se synovcem Maxmiliánem převzal v roce 1760 také statek Vysoký hrádek.[9][10]
S manželkou Františkou ze Satzu měl syna Václava Arnošta (1753–1814),[11] který zdědil Zdíkov a v roce 1790 po bratranci Maxmiliánovi i Zdíkov s Vysokým hrádkem.
