La bandera oficial de Formentera del Segura té la següent descripció:[3][4]
«
Bandera de proporcions 2:3. Partida per meitat vertical. En la primera, de blau, un feix de cinc espigues de blat, de groc. En la segona, de blanc, tres ones de blau.
En l'escut es mostren el senyal reial, les armes dels Pérez de Sarrió, marquesos d'Algorfa i antics senyors de Formentera del Segura, i unes ones en representació del riu Segura.[6] A la bandera es representa un feix de blat com a senyal parlant en referència al nom de la població.[cal citació]
Segons l'informe oficial de la Reial Acadèmia de la Història, redactat per Dalmiro de la Válgoma, el projecte inicial presentat per l'ajuntament incorporava una corona marquesal al timbre. Aquesta fou rebutjada en favor de la corona reial pel fet que el marquesat d'Algorfa ja quedava prou recordat amb el quarter amb les armes dels marquesos, i perquè, a juí de De la Válgoma, la representació d'aquella corona sol interpretar-se gràficament de manera incorrecta.[6]
↑ 6,06,1Válgoma, Dalmiro de la. «Formentera del Segura (Alicante)». Boletín de la Real Academia de la Historia, tom CLXXIV, quadern III, setembre-desembre 1977, pàg. 654. ISSN: 0034-0626.