El 2002 Microsoft va adquirir Rare, que va conservar la marca, el logotip, i la majoria de les propietats intel·lectuals. Rare des d'aleshores ha desenvolupat exclusivament per a consoles de Microsoft, incloent els jocs Grabbed by the Ghoulies, Kameo: Elements of Power, Conker: Live & Reloaded, Perfect Dark Zero, i Viva Piñata. El 2007 els Stampers van deixar Rare amb la finalitat de perseguir altres oportunitats i, el 2010, el focus d'atenció de la companyia es va traslladar a Xbox Live Avatar i Kinect, publicant tres jocs Kinect Sports. El 2015 Rare va desenvolupar Rare Replay, i una recopilació exclusiva per a Xbox One contenint 30 dels seus jocs per a així celebrar el seu trentè aniversari. El joc més recent de Rare, Sea of Thieves, va ser publicat el 2018. Els fans i els empleats han estat crítics amb la compra de Microsoft de Rare, dient que hi va haver una baixada important en la qualitat dels jocs i una pèrdua de talent considerable.
Diversos empleats clau van marxar de Rare per formar les seves pròpies empreses, tals com Free Radical Design (més tard Crytek UK), coneguts per la franquícia TimeSplitters, i Playtonic Games, més coneguts per desenvolupar Yooka-Laylee (i Yooka-Laylee and the Impossible Lair). Rare és àmpliament reconeguda per la indústria dels jocs i ha rebut nombrosos premis per part dels crítics i la premsa, tot i que sovint es descriu la companyia com reservada i reclusiva.
