En esclatar la guerra civil l'any 49 aC estava estacionat al Picè amb una força considerable, amb quarters a Cingulum i després a Àuximum. Quan Cèsar es va acostar els habitants d'Àuximum es van declarar al seu favor i Var va haver d'abandonar la ciutat. En retirar-se molts soldats de les seves tropes van desertar. Amb la resta es va unir a Pompeu a la Pulla.
Quan Pompeu va decidir sortir d'Itàlia, Var va anar a Àfrica i va prendre possessió de la província que governava llavors Quint Ligari que només era legat de Publi Considi Llong. Com que havia estat propretor pocs anys abans tenia molts contactes i va poder aixecar soldats per la causa pompeiana. Mentrestant Luci Eli Tuberó, un altre pompeià que havia estat nomenat pel Senat com a successor de Considi Llong a l'Àfrica, es va presentar a la província per prendre possessió però Var va refusar entregar el govern i no el va deixar ni desembarcar.
No gaire temps després Gai Escriboni Curió va creuar de Sicília a Àfrica amb dues legions per dominar la província per Juli Cèsar. Var va atacar a Curió a la batalla d'Útica (49 aC), però va ser derrotat i es va haver de tancar al darrere les muralles. Estava en greu perill però va ser salvat per l'arribada de forces del rei de NumídiaJuba I. Curió va ser derrotat per Juba i va morir en la batalla, perdent quasi tota la infanteria. La cavalleria es va entregar a Var i tots van ser executats per orde de Juba tot i que Var s'hi havia oposat.
Aquesta victòria va garantir la província pels pompeians, i allí van arribar els principals caps d'aquest partit després de la derrota de Farsàlia l'any 48 aC. Var va haver d'entregar el govern a Quint Cecili Metel Pius Escipió, cosa que va fer a cara de gos. Se li va atorgar el comandament de la flota i va destruir alguns vaixells de Cèsar a Adrumetum.
