Les diligències judicials foren dutes a terme sense garanties jurídiques, i les proves es basaren en les declaracions dels principals implicats, en especial Tomàs Ascheri, obtingudes mitjançant tortures[1] ordenades pel tinent de la guàrdia civilNarciso Portas contra el mateix Ascheri, Francesc Callís, Antoni Nogués, Josep Molas, Lluís Mas, Sebastià Sunyé, Joan Baptista Ollé, Francesc Gana i el francès Joseph Thiolouse.
Un primer consell de guerra se celebrà en el mateix castell de l'11 al 15 de desembre de 1896, però la sentència definitiva fou dictada pel Tribunal Suprem de Guerra i Marina per l'abril del 1897 a Madrid. Foren condemnats a mort i executats en la matinada del 4 de maig de 1897 els anarquistes Ascheri, Nogués, Molas, Mas i Joan Alsina; foren condemnats a 20 anys de presó Francesc Callis, Antoni Ceperuelo, Rafael Cusidó, Jacint Melich, Baldomer Oller, Josep Pons, Joan Torrents, Josep Vila, Jaume Vilella i Sebastià Sunyé; foren condemnats a 18 anys de presó Joan Casanovas, Epifani Caus i Joan Baptista Oller; a 10 anys i un dia Antoni Costa, Francesc Lis, Josep Mesa Mateu Ripoll, Joan Sala, Llorenç Serra i Cristòfol Soler; els 63 absolts foren desterrats.
La denúncia del procés es produí inicialment el mateix 1896, sobretot gràcies a l'activitat, a l'estranger, de Fernando Tarrida del Mármol, que havia estat alliberat i escriví Les Inquisiteurs d'Espagne (1897), així com de les campanyes de premsa de La Revue blanche i de L'Intransigeant de París. A Espanya la protesta la dirigí la premsa republicana (El Nuevo Régimen, El País, etc.) i el llibre La Barbarie Gubernamental en España (1897), de Ricardo Mella i a Josep Prat.[2] Posteriorment, hom inicià una intensa campanya per la revisió, especialment en 1898, des de "El Progreso", La Revista Blanca i "Vida Nueva", auspiciada sobretot per Joan Montseny, Alejandro Lerroux i Pere Coromines a Madrid.
Els condemnats, dins d'aquest clima de denúncia per la manca de garanties jurídiques, varen adreçar una carta de súplica a la reina on demanaven la suspensió del judici i del veredicte.[3] Finalment, després de l'assassinat d'Antonio Cánovas del Castillo l'agost del 1897 per l'anarquista italià Michele Angiolillo, qui pretenia venjar els executats, Sagasta permeté la tornada dels desterrats, i cap al gener del 1901 dictà l'indult dels qui encara restaven empresonats.