Sent el seu germà Francisco un dels principals instigadors del cop d'estat del 18 de juliol de 1936, aviat es va convertir en un dels seus més importants col·laboradors, i va tenir gran influència en la decisió del seu nomenament com a futur Cap d'Estat. La seva activitat durant la guerra es va desenvolupar com a ambaixador a Itàlia en 1937 i des de l'any següent completament a Portugal, des d'on va garantir com a ambaixador el suport del govern d'António de Oliveira Salazar al bàndol nacional, així com de subministraments materials i col·laboració per a la detenció de republicans que traspassaven la frontera.
Postguerra
El 1940 va ser nomenat Cavaller de l'Orde de Sant Llàtzer de Jerusalem en el grau de Gran Creu. Ascendit el 1942 a General del Cos d'Enginyers Navals de l'Armada, es va mantenir com a ambaixador d'Espanya a Portugal fins al 1957. Al seu retorn a Espanya va desenvolupar una intensa activitat financera. Va ser fundador i president del consell de la societat "Fabricació d'Automòbils, SA" (FASA-Renault) i també fundador de "Fabricació d'Automòbils Dièsel, SA" (Fadisa), així com president honorari d'Alcan Aluminio Ibérico i conseller de la Companyia Trasmediterránea de Navegació, així com director de Unión Naval de Levante. Va ser igualment conseller de Manufacturas Metálicas Madrileñas. El seu germà Francisco, ja com a Cap d'Estat, el va designar Procurador en Corts, càrrec que va exercir durant les legislatures VI, VII, VIII, IX i X, fins a la seva defunció, en 1977.[2][4]
Defunció
A les quatre de la tarda del 15 d'abril de 1977 moria a la Policlínica Naval de Madrid, víctima de complicacions renals (insuficiència i urèmia aguda) sorgides després d'una operació a la qual va ser sotmès el 2 de març d'aquest mateix any a causa d'una fractura de maluc. Les restes mortals van ser exposades durant la nit del divendres i el matí del dissabte en una capella ardent instal·lada al propi Hospital Policlínic de la Marina. Després d'una missa corpore insepulto, celebrada en la capella del centre mèdic, va ser traslladat, a dos quarts de cinc de la tarda, al cementiri madrileny de l'Almudena on va ser enterrat poc després de les cinc de la tarda. Durant el trasllat de les restes, la comitiva va ser custodiada per la Policia Municipal i la Policia Armada. Al sepeli van assistir solament la vídua, Isabel Pascual de Pobil; el seu fill, Nicolás Franco Pascual de Pobil, i alguns familiars més, a més d'un grup d'alts oficials de l'Armada.