El club va ser fundat el 18 de març de 1937. Va jugar a la màxima divisió de la lliga soviètica de futbol els anys 1949-1950, 1960-1970, i 1977-1988, per un total de 23 categories a la màxima categoria.
El Neftchi Bakú juga a l'estadi Tofiq Bəhramov, amb capacitat per a 29.858 espectadors, i que porta el nom de l'àrbitre azerbaidjanès Tofiq Bəhramov. És l'estadi amb més capacitat del país, i acostuma a ser usat per la selecció de futbol de l'Azerbaidjan. Va ser construït l'any 1952.
