L'emperador Constantí IX Monòmac morí de pleuresia, que havia contret banyant-se a l'estany del monestir el gener del 1055. Finalment fou enterrat al mateix monestir. Anys més tard, el palau construït per Constantí IX a Màngana fou destruït per Isaac II Àngel (r. 1185-1195 i 1203-1204), però el complex del monestir de Sant Jordi perdurà fins a la caiguda de Constantinoble el maig del 1453. Des de la construcció, la cort imperial feu visites anuals al monestir cada 23 d'abril, diada de Sant Jordi. Aquesta tradició fou interrompuda després de la Quarta Croada, al segle xii, quan els monjos llatins ocuparen breument el monestir fins a la restauració de l'Imperi Romà d'Orient per Miquel VIII Paleòleg (r. 1259-1261).
La ubicació prominent del monestir en feia un dels edificis més visibles per als mariners que passaven pel Bòsfor, per la qual cosa els mariners occidentals començaren a referir-se a aquestes aigües com a «el braç de Sant Jordi» al segle xiii.
Durant la guerra civil del 1341-1347, el teòleg i home d'estat romà d'Orient Demetri Cidoni es retirà al monestir després d'obtenir un adélfaton (el dret a viure en un monestir sense ser monjo a canvi de diners). El monestir esdevingué particularment famós al segle xiv, quan contenia relíquies de la Passió de Crist i es convertí en una destinació de pelegrinatge de creients ortodoxos de països tan remots com Rússia. Després del 1453, el complex del monestir fou ocupat pels dervixos durant un període breu abans de ser enderrocat pels otomans per fer lloc per al Palau de Topkapı.[1]
