Les seves primeres feines en el món de la música van ser tocant l'acordió. Va gravar música per primera vegada per Altamiro Carrilho. Poc després es va unir a una banda dirigida pel guitarrista Fafá Lemos, que tocava en clubs nocturns brasilers. El seu primer àlbum en solitari es va publicar el 1953, i més endavant va dirigir el grup de bossa nova Os Namorados.[3]
Donato es va convertir en arranjador i pianista del grup Garotos da Lua, al qual s'uniria João Gilberto. Després de traslladar-se a São Paulo, va tocar en l'Orquestra de Luís César i en el grup Os Copacabanas. El 1956 va enregistrar un àlbum amb la discogràfica Odeon Rècords, que va ser produït per Antônio Carlos Jobim. Donato va escriure "Minha Saudade" amb Gilberto, cançó que es va convertir en un èxit. En una entrevista dels anys 1970, Gilberto va afirmar que l'art de João Donato va ser flama inspiradora per al sorgiment de la bossa nova.[3][4]
A més, el 1974 es va convertir en el director musical de la cantant brasilera Gal Costa. A partir de llavors, va continuar gravant àlbums en qualitat de solista i també com a líder del João Donato Trio.[3]
Premis i llegat
El 2010, l'àlbum Sambolero del João Donato Trio va obtenir el Premi Grammy Llatí al Millor Àlbum de Jazz Llatí en la 10a edició d'aquest esdeveniment.[5][6]
El 2016 va ser nominat al Premi Grammy Llatí al Millor Àlbum Instrumental, pel seu disc Donato Elétrico.[7] L'àlbum també va ser triat per l'edició brasilera de la revista Rolling Stone com el 11è millor àlbum nacional d'aquell any.[8] El següent treball, Sintetizamor, va ser citat per la mateixa revista com un dels millors del 2017.[9]