Va començar a col·laborar amb la Universitat de Barcelona el 1939 poc després d'acabada la guerra civil espanyola sota les ordres del nou catedràtic de Prehistòria imposat per les autoritats franquistes: Martín Almagro Basch. El 1949 guanyà la càtedra de prehistòria de la Universitat de Salamanca i el 1958 la d'arqueologia de la Universitat de Barcelona, de la qual va passar a la de Prehistòria el 1969 quan Lluís Pericot es va jubilar, càtedra que va ocupar fins al 1985, quan en va ser nomenat professor emèrit. Va fundar les revistes Zephyrvs durant la seva estada a Salamanca i Pyrenae, aquesta darrera com a òrgan d'expressió de l'Institut d'Arqueologia i Prehistòria de la Universitat de Barcelona (1965), que va fundar i dirigir juntament amb Lluís Pericot. Va ser degà de la Facultat de Filosofia i Lletres de la Universitat de Barcelona a mitjans dels anys 60 i l'any 1974 va ser passar a dirigir la Comisaría Nacional de Excavaciones.
Tot i que la seva dedicació a l'àmbit d'estudi de les llengües i escriptures paleohispàniques va ser secundària, cal destacar que va ser el primer a suggerir (1968) l'existència d'un sistema gràfic en el signari ibèric nord-oriental (llevantí) que permetia diferenciar els sil·labogrames oclusius sords dels sonors, mitjançant un traç afegit en el sil·labograma que representava la sorda.
Casat amb la també arqueòloga Maria Bernet Ribera (1916-2011), fou pare de Jordi Maluquer de Motes i Bernet, catedràtic d'Història i institucions econòmiques a la Universitat Autònoma de Barcelona.
Algunes publicacions
El yacimiento hallstático de Cortes de Navarra (1958)
Epigrafía prelatina de la Península Ibérica (1968)
Tartessos: la ciudad sin historia (1975)
El santuario protohistórico de Zalamea de la Serena (1983)
Bibliografia
Prof. Dr. Joan Maluquer de Motes, article a Pyrenae 22-23 (2000), pp. 9-23