El 1512 tornà a Catalunya i és novament nomenat lloctinent de Catalunya i capità general del Principat. Pel seu càrrec eclesiàstic havia estat insaculat[1] el 1506, i és a l'elecció del 1512 quan surt nomenat president de la Generalitat de Catalunya. Però no fou fins al 10 de juny de 1513 que va entrar a Barcelona i, ho va fer per jurar com lloctinent general del regne d'Aragó. L'absència de la capital contravenia les normes de residència requerides al diputat eclesiàstic i, a més, es considerava incompatible amb el càrrec de lloctinent general. Tot i les pressions dels altres diputats i els oïdors, Joan d'Aragó no presentà la renúncia fins al 10 de juny de 1514.
↑Inclòs a la llista de nomenats per a ser diputat del braç eclesiàstic, segons la reforma del sistema d'elecció imposada per Ferran el Catòlic a les Corts de Barcelona (1493).