Quan es produí la mort del seu pare, el 1667, Joan Frederic encara era menor d'edat, de manera que es va nomenar un govern, encapçalat pel príncep elector Frederic Guillem de Brandenburg, perquè n'exercís la regència. A partir de 1692 va dirigir ell mateix el margraviat de Brandenburg-Ansbach. Joan Frederic va ser educat a les Universitats d'Estrasburg i de Ginebra i després va viatjar per tot Europa i especialment a França.
Era considerat un príncep tolerant i amable, però ambiciós. Va continuar la política del seu pare de bones relacions amb la casa Habsburg i va potenciar la reactivació econòmica al país. Amb tot, les seves inclinacions musicals, l'òpera i el ballet en particular, així com el luxe desmesurat va ocasionar-li problemes financers.