Com a promotor d'esdeveniments relacionats amb l'art fotogràfic, va organitzar les Jornades Catalanes de Fotografia el 1979 i el 1982, va col·laborar en la constitució de la Primavera Fotogràfica de Barcelona. El 1984, va comissariar l'exposició Idas y Caos. Avantguardes fotogràfiques a Espanya 1920-1945, exhibida a la Biblioteca Nacional de Madrid i al International Photography Center de Nova York i més tard Creació Fotogràfica a Espanya 1968-88, mostrada al Museu Cantini de Marsella i al Centre d'Art Santa Mònica de Barcelona. El 1996 va ser nomenat director artístic del Festival Internacional de Fotografia d'Arlés. El 1998 va obtenir el Premi Nacional de Fotografia del Ministeri de Cultura.
La seva extensa obra fotogràfica es caracteritza per l'ús d'eines informàtiques en el seu tractament i la seva presentació de manera interactiva amb l'espectador. De la mateixa manera que altres artistes contemporanis, representa una visió crítica de la realitat, les veritats fotogràfiques, històriques o fictícies a través de la fotografia i el seu context.
L'obra de Joan Fontcuberta s'inscriu en una línia crítica de la concepció de la fotografia com a evidència de la realitat. Molts dels seus treballs versen sobre el "posar en dubte" la veritat que se li atorga a les imatges fotogràfiques. Es posiciona en una línia de qüestionament i dubte cap a la veracitat de la imatge fotogràfica.[16] Afirma que:
«
(...) Tota fotografia és una ficció que es presenta com a veritable. Contra el que ens han inculcat, contra el que solem pensar, la fotografia menteix sempre, menteix per instint, menteix perquè la seva naturalesa no li permet fer una altra cosa. Però l'important no és aquesta mentida inevitable, l'important és com l'usa el fotògraf, a quines intencions serveix. L'important, en suma, és el control exercit pel fotògraf per imposar una direcció ètica a la seva mentida. El bon fotògraf és el que menteix bé la veritat (...)
No només les seves obres fotogràfiques, sinó també els seus treballs teòrics, tenen una intenció apel·lativa cap als observadors de les imatges, apel·la a una consciència crítica, a la desconfiança crítica, contra la postura de veritat absoluta de certa línia de concepció de la fotografia. Fontcuberta s'autodenomina un escèptic, pel que els seus treballs es basen en el qüestionament del concepte preestablert que es té de la fotografia, el qual es basa en la idea de reflex fidel de la realitat.[18]
Fontcuberta analitza a artistes i autors que utilitzen o van utilitzar tècniques similars a les que ell s'adscriu i els pren com a referents a l'hora de replantejar la idea de la iconicitat de la fotografia. Així, alguns artistes que apareixen com a referents al llarg dels seus treballs són Nancy Burson, Daniel Canogar, i un cas particular el constitueix la feina que cita a "La tribu que mai va existir", sobre els tasaday, que va prendre gran rellevància en el món científic, i per mitjà del qual es va crear una "realitat fictícia", a través del reportatge creat per John Launois. No obstant això, és el mateix Joan Fontcuberta, qui representa un referent per a molts artistes i teòrics contemporanis.[19]
Obres publicades
Aquí només una petita llista d'algunes de les obres publicades sobre l'obra del fotògraf, i d'assaig de l'autor. Per una llista més completa, vegeu la pàgina del fotògraf.
Fotografia
Principalment monografies
Herbarium (Ed. Gustavo Gili, Barcelona, 1984)
Fauna (European Photography, Göttingen, 1987)
Història artificial (IVAM, Valencia, 1992)
La fragua de Vulcano (Bilbao Bizkaia Kutxa, Bilbao, 1994)
L'artista de la fotografia (Mazzotta, Milan, 1995)
Wundergarten der Natur (Rupertinum Museum, Salzburg, 1995)
Sputnik (Fundación Arte y Tecnología, Madrid, 1997)
Micromegas (Mide, Cuenca, 1999)
Twilight Zones (Actar, Madrid, 2000)
Securitas (Fundación Telefónica, Madrid, 2001)
Assajos
Estètica Fotogràfica: una selecció de textos (Ed. Blume, Barcelona, 1984)
Foto-Diseño. Fotografismo y visualización programada, amb Joan Costa i Solà-Segalés (Enciclopedia del Diseño, CEAC, Barcelona, 1988)
Fotografia: conceptes i procedimients (Ed. Gustavo Gili, Barcelona, 1990)
El petó de Judes. Fotografia i Veritat (Ed. Gustavo Gili, Barcelona, 1997)
Ciència i fricció. Fotografia, natura, artifici (Mestizo, Murcia, 1998)
La ubiquïtat de la imatge, amb Christian Caujolle i Radu Stern (KRTU i GenCat, Barcelona, 2008)
La cámara de Pandora: La fotografí@ después de la fotografía (Ed. Gustavo Gili, Barcelona, 2010)
La furia de las imágenes: notas sobre la postfotografía (Ed. Galaxia Gutenberg, Barcelona, 2016)