Houtkerque (en neerlandès Houtkerke) és un municipi francès, situat a la regió dels Alts de França, al departament del Nord, que forma part de la Westhoek. L'any 2006 tenia 834 habitants. Limita al nord amb Bambecque al nord-est amb Poperinge, a l'oest amb Herzeele i al sud amb Winnezeele