El que està demostrat és que el lloc ha estat habitat des temps prehistòrics, encara que l'existència documentada de la república comença al segle x. En memòria del picapedrer, la zona es va anomenar Territori de San Marino, després Comunitat de San Marino, fins que se li va donar el nom oficial: República de San Marino.
El territori de la república consistia únicament en la muntanya Titano fins al 1463, quan entrà en l'aliança contra Segimon Pandolfo Malatesta, senyor de Rímini, que seria derrotat. A causa d'això el papaPius II va cedir a San Marino les ciutats de Fiorentino, Montegiardino i Serravalle. Aquest mateix any la ciutat de Faetano es va unir a la república per la seva pròpia voluntat. Des de llavors, la superfície de la república ha romàs invariable.
L'última ocupació del país va ocórrer el 1944. San Marino era neutral en la Segona Guerra Mundial, però, la Wehrmacht (exèrcit alemany) el va ocupar durant la seva retirada i va ser seguit pels aliats. Aquests últims només hi van romandre unes setmanes.
D'aquí vindria un temps de governs de curta durada fins a 1978, quan els comunistes recuperarien el poder. A causa d'un escàndol financer, perderen el poder, però amb una aliança amb els democristians aconseguiren recuperar-lo el 1993 i 1998.
Aquest país, amb la finalitat de disminuir la seva dependència de la República d'Itàlia, ha anat conformant una sèrie d'acords amb Suïssa en els camps polític, econòmic i social. Aquesta aliança ha obert el camí a un nou tipus de relacions diplomàtiques, pioneres en el segle xxi, però que recorden, vagament, les relacions internacionals de l'època medieval.