El 19 de febrer de 1588 va cedir una part del seu territori en benefici de l'erecció de la diòcesi de Funay, que va estendre la seva jurisdicció sobre tot el Japó.
El 9 de setembre de 1659 va cedir una altra porció de territori en benefici de l'erecció del vicariat apostòlic de Tonkin (avui arxidiòcesi de Hanoi).
El mateix any 1659 va cedir una part més de territori en benefici de l'erecció del vicariat apostòlic de Nanquín (avui arxidiòcesi). La cessió va ser confirmada el 10 d'abril de 1690, data en què es van erigir les diòcesis de Nanquín i Pequín (actual arxidiòcesi).
L'11 de maig de 1848, cedeix de nou una part del territori en benefici de l'erecció del vicariat apostòlic de Guangdong-Guangxi (avui arquebisbat de Guangzhou).
El 4 de setembre de 1940 va cedir a més una part del territori en benefici de l'erecció de la diòcesi de Dili (ara arxidiòcesi).
En virtut del concordat entre la Santa Seu i Portugal de 1886, les parròquies de Sant Pere a Malaca i Sant Josep de Singapur van estar sotmeses a la jurisdicció dels bisbes de Macau fins al 1981, quan van passar respectivament a la diòcesi de Malaca-Johore (avui Melaka-Johor) i l'arxidiòcesi de Singapur.
Cronologia episcopal
Diego Nunes de Figueira † (26 de gener de 1576 - 27 d'octubre de 1578 renuncià) (bisbe electe)[2]
Leonardo Fernandes de Sá, O.Cist. † (27 d'octubre de 1578 - 15 de setembre de 1597 mort)
Sede vacante (1597-1604)
João Pinto da Piedade, O.P. † (30 d'agost de 1604 - 26 d'agost de 1624 renuncià)
Sede vacante (1624-1690)
Diego Correia Valente, S.I. † (27 d'agost de 1626 - 28 d'octubre de 1633 mort) (administrador apostòlic)
João de Casal † (10 d'abril de 1690 - 20 de setembre de 1735 mort)
Eugénio Trigueiros, O.E.S.A. † (20 de setembre de 1735 - 19 de desembre de 1740 nomenat arquebisbe de Goa)
Hilário de Santa Rosa, O.F.M.Ref. † (19 de desembre de 1740 - 13 de gener de 1753 renuncià)
Bartolomeu Manoel Mendes dos Reis † (29 de gener de 1753 - 8 de març de 1773 nomenat bisbe de Mariana)
Alexandre da Silva Pedrosa Guimarães † (8 de març de 1773 - 7 de setembre de 1789 renuncià)
Marcelino José da Silva † (14 de desembre de 1789 - 16 de setembre de 1802 renuncià)
(llatí)Butlla Super specula, in Bullarium patronatus Portugalliae regum, Tomus I, pp. 243–245
(llatí)Konrad Eubel, Hierarchia Catholica Medii Aevi, vol. 3, p. 231; vol. 4, p. 226; vol. 5, p. 251; vol. 6, pp. 270–271; vol. 7, p. 248; vol. 8, pp. 357–358