L'església, en la seva forma actual, va ser un encàrrec del papa Adrià I al voltant del 780 i es va construir a sobre de les restes d'una estructura del segle v. Va ser dissenyada per a guardar les relíquies de les santes Pràxedes i Pudenciana, les filles de sant Prudenci, tradicionalment el primer convers cristià de Pau de Tars a Roma. Les dues santes van ser assassinades per proporcionar un enterrament cristià als primers màrtirs desafiant la llei romana.[cal citació]
La basílica va ser ampliada i decorada pel papa Pasqual I al voltant del 822. Aquest papa, que va regnar entre 817 i 824, seguint l'ideari de Carlemany, tenia la intenció de tornar als fonaments del Cristianisme teològicament i artística. Per això va iniciar la recuperació d'ossos de màrtirs de Roma i la construcció de diverses esglésies. En aquesta església es guarden moltes relíquies per aquest motiu. Els mosaics de l'església són de gran valor.[1]
Pilar de Jesús
Entre les relíquies del temple destaca el pilar on hauria estat Jesús de Natzaret durant la flagel·lació i tortura abans de la crucifixió de Jesús a Jerusalem. La relíquia es trobà a principis del segle IV per santa Helena, mare de Constantí I el Gran, que quan va fer vuitanta anys va peregrinar a Terra Santa per a fundar esglésies i recollir relíquies associades a la crucifixió de Jesús al Gòlgota. Per això va trobar altres relíquies, algunes de les quals es van traslladar a altres esglésies. Actualment a Santa Pràxedes hi ha fusta del petit llit de Jesús.