Com a militant de la CNT i de la FAI, fou membre del Comitè de Milícies Antifeixistes de Catalunya com a representant de la FAI des del juliol del 1936, assumint la direcció del Departament d'Investigació d'aquest organisme.[n. 1][1] Des del principi de l'esclat revolucionari i de la guerra Fernández va donar plena llibertat d'acció a les Patrulles de Control, i també va autoritzar l'assalt al vaixell presó Urugay que va causar l'assassinat col·lectiu de diversos presoners de dretes.[1] De fet va ser Aurelio Fernández qui va donar el vistiplau a les patrulles de control motoritzades nomenant-ne com a membres diversos lladres i criminals.[1] De fet Joan Pons Garlandí (ERC) va denunciar l'existència d'un grup coordinat de repressió i extorsió format per Fernández, Manuel Escorza, Dionís Eroles i Eduardo Barriobero.[2][n. 2]
Quan es va substituir el CCMAC per la nova Junta de Seguretat Interior Fernández va continuar com a cap de les patrulles de control en ser nomenat secretari general del nou organisme. Enfrontat violentament al cap de la policia Andreu Rebertés (d'ERC, el qual intentava frenar les patrulles de control), a finals del novembre de 1936 ell i Eroles el van acusar inversemblantment de conspiració contra la Generalitat: el detingueren i el mataren.[4] El substitut de Rebertés fou el militant del PSUC Eusebio Rodríguez, a qui se li encomanà també el mateix objectiu. En una reunió al despatx del conseller de Seguretat Interior Aurelio Fernández va agredir el mateix Rodríguez fins al punt que el conseller Aiguader va haver d'encanonar-lo amb una pistola per aturar-lo.[4] Com a membre de la Junta el gener del 1937 va acudir a la Fatarella a on els pagesos es van resistir a l'expropiació col·lectivitzadora forçosa de llurs terres empesa pels anarquistes, i sota la seva observació les milícies de la FAI executaren 30 pagesos i saquejaren brutalment aquell petit poble.[3]
Els Fets de maig del 1937 permeteren a la Generalitat i a la República recuperar el control de les institucions i l'ordre públic. Fernández es va resistir ferotgement al nou delegat de seguretat a Barcelona del govern republicà espanyolTeodoro Illera (policia professional), però finalment fou empresonat.[5] Aleshores es va iniciar una gran investigació dels assassinats i els robatoris comesos entre el juliol del 1936 i el maig del 1937: Aurelio Fernández fou processat per haver extorsionat diversos detinguts de les patrulles de control.[4]
↑ Des d'aquesta responsabilitat va pressionar perquè s'apartés en Frederic Escofet del comandament de l'Ordre Públic a Catalunya per l'opinió d'aquest que calia controlar immediatament els excessos de la FAI.[1]
↑ Un exemple escandalós fou l'extorsió a l'orde dels Pares maristes: El 1936, després de l'assassinat de 14 membres el juliol, els dirigents maristes es van reunir amb Aurelio Fernández i Dionís Eroles i van acabar cedint al xantatge de pagar en dues parts un rescat de 200.000 francs pels membres supervivents. Quan Fernández rebé la primera meitat, el 4 d'octubre a la Cerdanya van deixar passar la frontera amb França 117 novicis de l'orde, però en canvi detingueren tots els que tenien més de 21 anys. 107 germans foren empresonats a la txeca de Sant Elies. Quan l'adjutor de l'ordre va arribar a Barcelona amb el segon pagament també fou empresonat i se li prengueren els diners que es lliuraren directament a Aurelio Fernández. 46 dels presoners foren assassinats aquella nit. Quan la Generalitat es va assabentar del cas el mateix president Companys va ordenar que s'alliberessin els 62 germans encara en vida.[3]
