Alessandro Ballan mai ha donat positiu en cap control antidopatge, però l'abril de 2010 es va veure involucrat en un cas de dopatge a Itàlia, pel qual fou suspès provisionalment pel seu equip.[1] Readmés de nou el mes següent,[2] és novament suspès pel seu equip just abans del Giro d'Itàlia2011, per culpa de l'aparició de noves informacions.[3]
El gener del 2014 va sortir la sentencia del CONI contra Ballan, amb motiu de la investigació que es realitzava contra ell quan militava al Lampre. La sanció va ser de dos anys i una multa de 2000 €. Com a conseqüència, el BMC Racing el va acomiadar.[4]