Al-Ubeidiya rep el nom de Sant Teodosi (Ibn Ubeid, en àrab), que va construir un monestir 1 kilòmetre a l'oest de la vila, on és enterrat, conegut com a monestir de Sant Teodosi. Va ser construït originalment en el segle v i Teodosi hi va ser enterrat en 520. L'estructura actual va ser construïda pels croats en el segle xii. Està situat en un cim i està sota l'administració de l'Església Ortodoxa Grega. El Monestir de Mar Saba, que va ser construït per Saba el Santíssim a l'any 484, es troba més a l'est del centre de la ciutat, però dins de la seva jurisdicció municipal. Una piscina romana està situada al centre d'Al-Ubeidiya i va ser utilitzada durant el domini romà de Palestina per recollir aigua.[2] Segons Dauphin, la major part del monestir actual és del segle xix, però incorpora restes d'època romana d'Orient.[3]
Època otomana
La zona, igual que la resta de Palestina, va ser incorporada a l'Imperi Otomà en 1517. En 1596 Al-Ubeidiya va aparèixer en registres tributaris otomans anomenada Dayr Bani 'Ubayd, com a part de la nàhiya d'al-Quds al liwà d'al-Quds. Tenia una població de 42 llars i 6 solters, tots musulmans. Pagaven impostos sobre el blat, ordi, ingressos ocasionals, cabres i/o ruscs.[4] Segons la tradició local, la ciutat moderna d'Al-Ubeidiya va ser fundada quan els membres de la tribu Shammar de la Península d'Aràbia es van instal·lar allà, i no va tenir el nom de sant Teodosi, però després del líder tribal, al-Ubeidi Faris.[2]
En 1863 l'explorador francès Victor Guérin va visitar el lloc que va anomenar Deir Dosi i va descriure les restes del monestir.[5] En 1883 el Survey of Western Palestine del Fons per a l'Exploració de Palestina descrivia Kh. Deir Ibn Obeid com a «ruïnes d'una vila moderna».[6]
En el cens de 1945, la unitat tribal d' Arab Ibn Ubeid era de 7.070 àrabs, amb un total de 92.026 dúnams de terra segons una enquesta oficial de terra i població.[9] 3,732 dúnams eren usats per a cereals,[10] mentre que 88,294 dúnams eren sòl no cultivable.[11]
Des de 1997 al-Ubeidiya ha estat governat per un consell municipal d'11 membres nomenats per l'Autoritat Nacional Palestina (ANP). El municipi té jurisdicció sobre 97,232 dúnams de terra, molt més grans que les zones urbanes i residencials de la ciutat, que constitueixen 979 d'aquests dúnams. Altres localitats situades dins de les fronteres municipals inclouen Wadi al-Arayis.[2]
Els residents són majoritàriament descendents dels Shammar mentre que les principals famílies pertanyen als al-'Asa, al-Radayda, al-Rabai'a, al-Hasasna, i Abu Sirhan. La població és musulmana (encara que els monestirs estan poblats per monjos ortodoxos grecs) i hi ha deu mesquites a la ciutat.[2]