TSR3 ili faktor TSR3 sazrijevanja ribosoma, je hipotetski ljudski protein ćiji je lokus na hromosomu 16.[5] Njegov protein dug je 312 aminokiselina, a njegova cDNK ima 1.214 baznih parova. Ranije je označavan kao C16orf42.
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 312 aminokiselina, a molekulska težina 33.596 Da.[6].
| 10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
|---|
| MGRRRAARGP | | GAEGGRPRHL | | PTRSLEAFAE | | EVGAALQASV | | EPGAADGEGG |
| PGPAALPCTL | | AMWELGHCDP | | RRCTGRKLAR | | LGLVRCLRLG | | HRFGGLVLSP |
| VGKQYASPAD | | RQLVAQSGVA | | VIDCSWARLD | | ETPFGKMRGS | | HLRLLPYLVA |
| ANPVNYGRPY | | RLSCVEAFAA | | TFCIVGFPDL | | AVILLRKFKW | | GKGFLDLNRQ |
| LLDKYAACGS | | PEEVLQAEQE | | FLANAKESPQ | | EEEIDPFDVD | | SGREFGNPNR |
| PVASTRLPSD | | TDDSDASEDP | | GPGAERGGAS | | SSCCEEEQTQ | | GRGAEARAPA |
| EVWKGIKKRQ | | RD |
- Simboli
Funkcija
Funkcija C16orf42 je nepoznata. Predviđa se da je to transmembranski protein, ali ćelijska ili potćelijska membrana u kojoj se nalazi je također nepoznata[7]
Espresija
C16orf42 se ne ispoljava sveprisutno kod ljudi. Najizrazitiji je i u jajnicima, ali uopće nije eksprimiran u krvi, a vrlo malo u mozgu.[8] Jedan eksperiment s mikro zracima sugerirao je da njegovu ekspresiju u krvi uzrokuje malarija,[8] ali za potkrepljivanje ove tvrdnje potrebno je dodatno eksperimentiranje. Njegova ekspresija u tkivima obično ostaje konstantna i kada je tkivo bolesno.[8] Međutim, kratka analiza njegovih ortologa pokazuje nedosljednosti u ekspresiji po tkivima. To bi moglo biti zbog nedostatka ekspresije kod drugih vrsta.
Struktura
Struktura C16orf42 nije poznata. Predviđa se da ima više regija alfa-heliksa i nekoliko kratkih dijelova beta-lanaca.[7] It contains a potential metal binding domain between amino acids 60–90. Ima predviđenu molekulsku masu od 33,6 kdal i izoelektričnu tačku 6,496000, što ga čini lagano kiselim.[7] Compared to other human proteins, C16orf42 is high in the amino acids arginine and alanine, and low in the amino acid threonine.[7] Kratka analiza njegovih striktnih ortologa pokazuje da i oni uglavnom općenito imaju visok sadržaj arginina i nizak teonina, kao i u poređenju sa tipskim proteinima u pripadajućim vrstama.[7]
Homologija
C16orf42 se takođe može naći u mnogim drugim organizmima, uključujući sisare, te određene gljive i biljke.[9] Nijer nađen kod bakterija.[9] C16orf42 je visoko konzerviran u mnogim svojim ortolozima, posebno u ortolozima sisara, čak do 95% identiteta u resus makakima.[9] Također ima prilično visoka konzerviranost u udaljenijim homolozima, 53% identiteta u kukuruzu, naprimjer.[9] Ima jedan potencijalni paralog kod ljudi, protein EGFL6.[10]
Analiza ortologa:
Reference
Dopunska literatura
Vanjski linkovi
