RMND5B
Homolog 5 mejotske diobe jedra 5S. cerevisiae RMND5B , jest protein koji je kod ljudi kodiran genom RMND5B sa hromosoma 5 .[ 5] domen cinkovog prsta i visoko je konzerviran u mnogim eukariotskim organizmima.
Aminokiselinska sekvenca
Ovaj protein je bogat leucinom (14,0%) i može pripadati porodici proteina ponavljanja bogata leucinom .
Dužina polipeptidnog lanca je 393 aminokiseline , а molekulska težina 44.414 Da .[ 6]
10 20 30 40 50 MEQCACVERE LDKVLQKFLT YGQHCERSLE ELLHYVGQLR AELASAALQG TPLSATLSLV MSQCCRKIKD TVQKLASDHK DIHSSVSRVG KAIDRNFDSE ICGVVSDAVW DAREQQQQIL QMAIVEHLYQ QGMLSVAEEL CQESTLNVDL DFKQPFLELN RILEALHEQD LGPALEWAVS HRQRLLELNS SLEFKLHRLH FIRLLAGGPA KQLEALSYAR HFQPFARLHQ REIQVMMGSL VYLRLGLEKS PYCHLLDSSH WAEICETFTR DACSLLGLSV ESPLSVSFAS GCVALPVLMN IKAVIEQRQC TGVWNHKDEL PIEIELGMKC WYHSVFACPI LRQQTSDSNP PIKLICGHVI SRDALNKLIN GGKLKCPYCP MEQNPADGKR IIF
Homologija
text shaded Poravnavanje višestrukih sekvenci CAD28476; osjenćene kiseline su konzervirane CAD28476 je visoko konzerviran u mnogim eukariotskim organizmima, što sugerira da ima primarnu ulogu u mejozi tj. u transgeneracijskom nasljeđivanju .
Ortolozi
Taksonomsko imeUobičajeno ime
Pristup bazi NCBI
Postotak sličnosti sekvenceDužina (A–A )
Komentar
Homo sapiens Čovjek
[1] 100%
393
Pretpostavljeni protein za mejozu
Pan troglodytes Obični čimpanza
[2] 99,7%
393
Homolog B potreban za mejotsku diobu fedra izoforma 5
Macaca mulatta Rezus-makak
[3] 98,5%
393
Sličan izoformi 11 CG3295-PA
Rattus norvegicus Smeđi pacov
[4] 98,2%
393
Sličan RIKEN cDNK 0610039K22
Mus musculus Kućni miš
[5] 97,7%
393
Homolog B potreban za mejotsku diobu jedra Requ 5
Equus caballus Konj
[6] 97,7%
273
PREDICTED: Sličan homologu B
Bos taurus Govedo
[7]
Danio rerio Zebrica
[8] 72,8%
391
Homolog B potrebnom za mejotsku diobu jedra 5
Xenopus laevis Afrička kandžasta žaba
[9] 70%
391
Protein MGC84431
Canis lupus familiaris Pas
[10] 70%
391
Predviđanje: sličan izoformi A CG3295-PA
Tetraodon nigroviridis Pjegava zelena pufer-riba
[11] 68,5%
417
Neimenovani proteinski proizvod
Ornithorhynchus anatinus Kljunar
[12] 64,5%
389
Branchiostoma floridae Floridska kopljača
[13] 57%
491
Pretpostavljeni protein BRAFLDRAFT_126901
Nematostella vectensis Morska sasa
[14] 50,1%
389
Culex quinquefasciatus Južni kućni komarac
[15] 48,5%
392
Pretpostavljeni konzervirani protein
Aedes aegypti Komarfac žute groznice
[16] 48,2%
392
Pretpostavljeni protein AaeL_AAEL009407
Strongylocentrotus purpuratus Ljubičasti morski jež
[17] 48,2
405
Predviđanje: Sličan proteinu MGC88921
Drosophila virilisVinska mušica
[18] 41,5%
437
GJ20343
Drosophila melanogaster Vinska mušica
[19] 40,3%
431
CG3295
Acyrthosiphon pisum Akritosifon
[20] 39,5%
366
Predviđanje: Homolog A potreban za mejotsku diobu jedra 5
Oryza sativa Riža
[21] 32,2%
386
Membranski proteinoliki protein
Domen cinkovog prsta
Lokaciju dva predviđena proteinska domena. Rezultat lokalnog poravnanja sekvence: aminokiseline pronađene u domenu cinkovih prstiju označene su drugom bojom Tri aminokiseline koje su koordinirane s cinkovim ionima. Program [BLIMPS] je predvidio da u proteinu postoje dva domena ,[ 7] cinkovog prsta .
Cinkoprstni domen pomažu vezivanje proteina za nukleinske kiseline . Ovo ukazuje na direktnu interakciju CAD28476 sa DNK tokom mejoze. Poređenjem CAD28476 sa srodnim proteinom cinkovog prsta[ 8] [ 9] His359 , Cys381 i Cys384 mogu se pripisati domenu cinkovih prstiju. Ova struktura cinkovih prstiju nije uobičajena jer uključuje jedan histidin umjesto dva.
Ekspresija
Podaci mikročipova pokazuju da je CAD28476 visoko eksprimiran u tkivu gdje se javlja mejoza kao u testisima i jajnicima . Štaviše, također je visoko eksprimiran u mozgu oko hipotalamusa .
Transkripcijska regulacija
Navedena mjesta vezanja za različite transkripcijske faktore , faktori transkripcije vjerojatno će biti podebljani kada su uključeni u regulaciju. Analiza regije promotora (alati na stranici rVista.[ 10] mjesto vezivanja transkripcijskog faktora lokalizirano u očuvanim regijama.
Vrlo je vjerovatno da su transkripcijski faktori Ets-1 koji pripada porodici transkripcijskih faktora EST i njegov faktor vezanja jezgra CBF uključeni u regulaciju transkripcije budući da oba imaju nezavisna mjesta vezanja .
Interaktivni poteini
Predviđena su dva proteina u interakciji sa CAD28476.[ 11]
Reference
^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000145916 - Ensembl , maj 2017^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000001054 - Ensembl , maj 2017^ "Human PubMed Reference:" . National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine .^ "Mouse PubMed Reference:" . National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine .^ "Entrez Gene: RMND5B required for meiotic nuclear division 5 homolog B (S. cerevisiae)" .^ "UniProt, Q96G75" (jezik: engleski). Pristupljeno 20. 10. 2021 .^ Jorja Henikoff, Fred Hutchinson Cancer Research Center, 1100 Fairview AV N, A1-162, PO Box 19024 Seattle, WA 98109-1024 FAX: 206-667-5889
^ Miyamoto, K.; Tochio, N.; Sato, M.; Koshiba, S.; Inoue, M.; Kigawa, T.; Yokoyama, S. (2005). "PDB entry of 2ct2" . To be Published . doi :10.2210/pdb2ct2/pdb . Pristupljeno 12. 5. 2009 . ^ © 1997 by William R. Pearson and the University of Virginia (This is from distribution "fasta20u66", version 2.0u66, Sep., 1998, sale or incorporation into a commercial product expressly forbidden without permission)
^ "rvista Home Page" . Pristupljeno 12. 5. 2009 .^ "homepage of Genecard" . Pristupljeno 12. 5. 2009 .
Dopunska literatura
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences" . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A . 99 (26): 16899–903. doi :10.1073/pnas.242603899 PMC 139241 PMID 12477932 . Clark HF, Gurney AL, Abaya E, et al. (2003). "The secreted protein discovery initiative (SPDI), a large-scale effort to identify novel human secreted and transmembrane proteins: a bioinformatics assessment" . Genome Res . 13 (10): 2265–70. doi :10.1101/gr.1293003 . PMC 403697 PMID 12975309 . Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs" . Nat. Genet . 36 (1): 40–5. doi :10.1038/ng1285 PMID 14702039 . Colland F, Jacq X, Trouplin V, et al. (2004). "Functional proteomics mapping of a human signaling pathway" . Genome Res . 14 (7): 1324–32. doi :10.1101/gr.2334104 . PMC 442148 PMID 15231748 . Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)" . Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi :10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 PMID 15489334 . Pope SN, Lee IR (2005). "Yeast two-hybrid identification of prostatic proteins interacting with human sex hormone-binding globulin". J. Steroid Biochem. Mol. Biol . 94 (1–3): 203–8. doi :10.1016/j.jsbmb.2005.01.007 . PMID 15862967 . S2CID 9746088 . Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature . 437 (7062): 1173–8. Bibcode :2005Natur.437.1173R . doi :10.1038/nature04209 . PMID 16189514 . S2CID 4427026 .
