QRICH2

QRICH2
Identifikatori
AliasiQRICH2
Vanjski ID-jeviOMIM: 618304 MGI: 2684912 HomoloGene: 12951 GeneCards: QRICH2
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 17 (čovjek)
Hrom.Hromosom 17 (čovjek)[1]
Hromosom 17 (čovjek)
Genomska lokacija za QRICH2
Genomska lokacija za QRICH2
Bend17q25.1Početak76,274,049 bp[1]
Kraj76,308,276 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 11 (miš)
Hrom.Hromosom 11 (miš)[2]
Hromosom 11 (miš)
Genomska lokacija za QRICH2
Genomska lokacija za QRICH2
Bend11|11 E2Početak116,332,151 bp[2]
Kraj116,357,067 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

84074

217341

Ensembl

ENSG00000129646

ENSMUSG00000070331

UniProt

Q9H0J4

Q3V2A7

RefSeq (mRNK)

NM_032134
NM_001388453

NM_001033267

RefSeq (bjelančevina)

NP_115510

NP_001028439

Lokacija (UCSC)Chr 17: 76.27 – 76.31 MbChr 11: 116.33 – 116.36 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Glutaminom bogati protein 2 je protein koji je kod ljudi kodiran genom QRICH2 na hromosomu 17.[5][6] Funkcija proteina QRICH2 uglavnom je nepoznata, ali pokazalo se da gen QRICH2 sadrži gluteninski domen velike molekulske težine i domen ATPaza. Gen QRICH2 je visoko eksprimiran u sjemenicima,[7] a subćelijska lokacija proteina je u jedru.[8]

Dužina polipeptidnog lanca je 1.663 aminokiseline, а molekukska težina 180.827[9].

Aminokiselinska sekvenca

Simboli

C: Cistein
D: Aspartat
E: Glutamat
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

1020304050
MKDAAEELSFARVLLQRVDELEKLFKDREQFLELVSRKLSLVPGAEEVTM
VTWEELEQAITDGWRASQAGSETLMGFSKHGGFTSLTSPEGTLSGDSTKQ
PSIEQALDSASGLGPDRTASGSGGTAHPSDGVSSREQSKVPSGTGRQQQP
RARDEAGVPRLHQSSTFQFKSDSDRHRSREKLTSTQPRRNARPGPVQQDL
PLARDQPSSVPASQSQVHLRPDRRGLEPTGMNQPGLVPASTYPHGVVPLS
MGQLGVPPPEMDDRELIPFVVDEQRMLPPSVPGRDQQGLELPSTDQHGLV
SVSAYQHGMTFPGTDQRSMEPLGMDQRGCVISGMGQQGLVPPGIDQQGLT
LPVVDQHGLVLPFTDQHGLVSPGLMPISADQQGFVQPSLEATGFIQPGTE
QHDLIQSGRFQRALVQRGAYQPGLVQPGADQRGLVRPGMDQSGLAQPGAD
QRGLVWPGMDQSGLAQPGRDQHGLIQPGTGQHDLVQSGTGQGVLVQPGVD
QPGMVQPGRFQRALVQPGAYQPGLVQPGADQIDVVQPGADQHGLVQSGAD
QSDLAQPGAVQHGLVQPGVDQRGLAQPRADHQRGLVPPGADQRGLVQPGA
DQHGLVQPGVDQHGLAQPGEVQRSLVQPGIVQRGLVQPGAVQRGLVQPGA
VQRGLVQPGVDQRGLVQPGAVQRGLVQPGAVQHGLVQPGADQRGLVQPGV
DQRGLVQPGVDQRGLVQPGMDQRGLIQPGADQPGLVQPGAGQLGMVQPGI
GQQGMVQPQADPHGLVQPGAYPLGLVQPGAYLHDLSQSGTYPRGLVQPGM
DQYGLRQPGAYQPGLIAPGTKLRGSSTFQADSTGFISVRPYQHGMVPPGR
EQYGQVSPLLASQGLASPGIDRRSLVPPETYQQGLMHPGTDQHSPIPLST
GLGSTHPDQQHVASPGPGEHDQVYPDAAQHGHAFSLFDSHDSMYPGYRGP
GYLSADQHGQEGLDPNRTRASDRHGIPAQKAPGQDVTLFRSPDSVDRVLS
EGSEVSSEVLSERRNSLRRMSSSFPTAVETFHLMGELSSLYVGLKESMKD
LDEEQAGQTDLEKIQFLLAQMVKRTIPPELQEQLKTVKTLAKEVWQEKAK
VERLQRILEGEGNQEAGKELKAGELRLQLGVLRVTVADIEKELAELRESQ
DRGKAAMENSVSEASLYLQDQLDKLRMIIESMLTSSSTLLSMSMAPHKAH
TLAPGQIDPEATCPACSLDVSHQVSTLVRRYEQLQDMVNSLAVSRPSKKA
KLQRQDEELLGRVQSAILQVQGDCEKLNITTSNLIEDHRQKQKDIAMLYQ
GLEKLEKEKANREHLEMEIDVKADKSALATKVSRVQFDATTEQLNHMMQE
LVAKMSGQEQDWQKMLDRLLTEMDNKLDRLELDPVKQLLEDRWKSLRQQL
RERPPLYQADEAAAMRRQLLAHFHCLSCDRPLETPVTGHAIPVTPAGPGL
PGHHSIRPYTVFELEQVRQHSRNLKLGSAFPRGDLAQMEQSVGRLRSMHS
KMLMNIEKVQIHFGGSTKASSQIIRELLHAQCLGSPCYKRVTDMADYTYS
TVPRRCGGSHTLTYPYHRSRPQHLPRGLYPTEEIQIAMKHDEVDILGLDG
HIYKGRMDTRLPGILRKDSSGTSKRKSQQPRPHVHRPPSLSSNGQLPSRP
QSAQISAGNTSER
Broj NCBI reference Dužina Lokacija Molekulska težina PI
mRNA: NM_032134.1

Protein: NP_115510.1

iRNK: 5411 bp

Protein: 1663 aa

17q25.1 180,8 kdal 6,25

Gen

QRICH2 iRNK duga je 5,411 bp, a njegov hromosomski položaj kod ljudi je 17q25.1. Ima 19 egzona i sadrži dvija glavna funkcijska domena: domen glutenina velike molekulske težine (aminokiseline 446-979) i domen koji uključuje ATPaze (aminokiseline 1036-1413 ). QRICH2 nalazi se između gena UBAL D2 i gena PRPSAP1 na hromosomu 17.[10] Ne postoji predviđena struktura zvana matična petlja na iRNK ovog gena, jer ne postoje komplementarne sekvence RNK.[11]

Protein

Protein QRICH2 dugačak je 1663 aminokiseline, a 10,9% aminokiselina je Glutamin (Q). 38% sekundarne strukture proteina QRICH2 je alfa-zavojnica, 39% je beta-list i 13% se obrće.[12][13] Tip ljudskog tkiva s najvišim nivoom ekspresije QRICH2 su sjemenici, što potvrđuje i profil ekspresije gena za miševe i pse.[14] Subćelijska lokacija proteina QRICH2 je u jedru. QRICH2 je topivi protein, njegova prosječna hidrofobnost je –0.5995.[15] QRICH2 protein ima interakcije sa brojnim ostalim proteinima, uključujući SSSCA1, TSSC1, GAPDH, NUP98 i SNAI1.[5]

Homologija[16]

Paralozi

Vrsta Gen Pristup (iRNK) Dužina (bp) E-vrijednost Identitet Pokrivenost Lokacija
Čovjek FLJ25373 AK058102 1499 0,0 99% 27% ch7

Sekvence iRNK FLJ25737-a [17] savršeno se podudaraju s dvije regije na QRICH2 iRNK (bp 3157-4302 na QRICH2 podudaraju se s bp 1-1146 na FLJ25737, bp 4998-5307 na QRICH2 odgovaraju s bp 1140-1499 na FLJ25737). Međutim, FLJ25737 lociran je na hromosomu 7, a QRICH2 na hromosomu 17.

Vrsta Protein Pristup (Protein) Dužina (aa) E-vrijednost Identitet Pokrivenost Lokacija
Čovjek Sperminoliki protein 1 NP_001012998.2 632 6.00e-46 34% 39% Xq21.1
Čovjek Proteinska pikolo izoforma 1 NP_149015.2 5142 3.00e-10 30% 33% 7q11.23

Ortolozi

Vrsta Uobičajeno ime Divergencija od ljudi

(milioni godina)

Pristup (Protein) Dužina (aa) Identitet Pokrivenost
Rattus norvegicus Smeđi pacov 92,3 XP_577148.4 1971 51% 99%
Nomascus leucogenys Gibon 20,4 XP_003279182.2 1768 80% 99%
Canis lupus familiaris Pas 94,2 XP_533125.3 1936 67% 99%
Loxodonta africana Slon 98,7 XP_003417424.1 1973 65% 99%
Ailuropoda melanoleuca Panda 94,2 XP_002919929.1 1903 64% 99%
Otolemur garnettii Lemur 74 XP_003785524.1 1963 63% 99%
Sus scrofa Divlja svinja 94.2 XP_003131230.1 1983 63% 99%
Cavia porcellus Zamorčić 92,3 XP_003461498 1852 61% 99%
Felis catus Mačka 94,2 XP_003997276.1 1755 61% 98%
Papio anubis Babun 29 XP_003913523.1 2043 80% 97%
Gorilla gorilla Gorila 8,8 XP_004041087 507 99% 30%
Mus musculus Kućni miš 92,3 NP_001028439.1 592 77% 30%

Protein QRICH2 ima dobro konzervirane ortologe kod mnogih vrsta. Ortologne proteinske sekvence se vrlo dobro podudaraju u regiji u kojoj je domen glutenina velike molekulske težine i domen koji uključuje ATPazu.

Funkcija

Funkcija proteina QRICH2 uglavnom je nepoznata. Pokazalo se da pripada općim ekspresijskim grupama na ljudskom hromosomu 17, gdje pripadaju:[18] NCOR1, GFAP, QRICH2, ANAPC11 i PER1. Također može biti i nadregulirani gen uključen u ćelijsku adheziju i ćelijsku morfogenezu.[19] Visoka ekspresija gena QRICH2 u testisima može sugerirati da protein QRICH2 ima neke funkcije povezane s proizvodnjom muških hormona. Protein QRICH2 ima neke sličnosti sekvence sa spermidinom/sperminom N (1) acetil-sličnim proteinom 1 kod nekoliko vrsta.[16]

Reference

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000129646 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000070331 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b "Genecards: QRICH2". Genecards, The Human Gene Compendium.
  6. ^ "NCBI Nucleotide: QRICH2". National Center for Biotechnology Information, Nucleotide Database.
  7. ^ "NCBI Gene Expression Omnibus (GEO): QRICH2 expression in various tissues in human".
  8. ^ "PSORT II Prediction".
  9. ^ "UniProt, Q9H0J4". Pristupljeno 12. 9. 2017.
  10. ^ "NCBI Gene: QRICH2". National Center for Biotechnology Information, Gene Database
  11. ^ "Nucleic acid dot plot". Arhivirano s originala, 19. 8. 2015. Pristupljeno 10. 6. 2021.
  12. ^ "CHOFAS tool". San Diego Supercomputer Center.
  13. ^ Chou PY, Fasman GD (1978). Prediction of the secondary structure of proteins from their amino acid sequence. Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol. Advances in Enzymology - and Related Areas of Molecular Biology. 47. str. 45–148. doi:10.1002/9780470122921.ch2. ISBN 9780470122921. PMID 364941.
  14. ^ "Expression data (EST profile) for QRICH2". Unigene NCBI.
  15. ^ "SOSUI, Classification and Secondary Structure Prediction". Expasy Bioinformatics Resource Portal.
  16. ^ a b "NCBI BLAST". Basic Local Alignment Search Tool.
  17. ^ "NCBI FLJ25737". NCBI Nucleotide Database.
  18. ^ Zaravinos A, Lambrou GI, Boulalas I, Delakas D, Spandidos DA (2011). "Identification of common differentially expressed genes in urinary bladder cancer". PLOS ONE. 6 (4): e18135. doi:10.1371/journal.pone.0018135. PMC 3070717. PMID 21483740.
  19. ^ Król M, Pawłowski KM, Szyszko K, Maciejewski H, Dolka I, Manuali E, Jank M, Motyl T (2012). "The gene expression profiles of canine mammary cancer cells grown with carcinoma-associated fibroblasts (CAFs) as a co-culture in vitro". BMC Vet. Res. 8: 35. doi:10.1186/1746-6148-8-35. PMC 3355042. PMID 22453032.