Krajišnik je optužen za zločine, etničko čišćenje i genocid u Bosni i Hercegovini. Uhapšen je 3. aprila 2000. od strane francuskih komandosa u sklopu SFOR-a i pritvoren je u zatvoru Međunarodnog krivičnog suda za bivšu Jugoslaviju u Haagu. Nakon smrti Slobodana Miloševića, Krajišnik je bio najviše rangirani političar na sudu. Dana 27. septembra 2006. je pred Haškim tribunalom proglašen krivim za istrebljenje, ubistva, progone na političkoj, rasnoj ili vjerskoj osnovi, deportacije i nečovječno postupanje kao i zločine protiv čovječnosti, te osuđen na 27 godina zatvora.[1] Dana 17. marta 2009. godine odbačene su optužbe za ubistvo i istrebljenje, a kazna je smanjena na 20 godina.[2]
Smrt
Dana 29. augusta 2020. Krajišnik se zarazio virusom COVID-19, te je preminuo od njega 15. septembra 2020.[3]
