Rođen je u Širokom Brijegu u tada SR Bosni i Hercegovini. Kao mlad otišao je u Zapadnu Njemačku, preko jugoslavenskog programa privremenog rada u inozemstvu sa "Ujedinjenim Hrvatima Njemačke", hrvatskom emigrantskom agencijom.[1] Vodio je kazino u Singenu, a prema riječima Miroslava Tuđmana, Naletilić je također bio makro.[2]
Sarađivao je s Bundesnachrichtendienst, njemačkom obavještajnom agencijom, i bugarskim Odborom za državnu sigurnost.[3]
Godine 1993. Jusuf Prazina pridružio se Naletilićevoj jedinici. Bio je jedan od organizatora odbrane Sarajeva i kriminalac. Kada je 1992. izbio Bošnjačko-hrvatski sukob, "Kažnjenički bataljon" borio se protiv ARBiH u Jablanici, Doljanima i Gornjem Vakufu. Dana 17. aprila 1993. njegova jedinica napala je selo Sovići i izvršila prisilno premještanje Bošnjaka. Dana 9. maja 1993. godine, pripadnici "Kažnjeničke bojne" bili su uključeni u opsadu istočnog Mostara.
U novembru 1993. Naletilić je bio u osobnom sukobu s generalom Slobodanom Praljkom iz HVO-a, pa je navodno prisiljen napustiti svoju dužnost načelnika stožera HVO-a.[12] Godine 1994. Naletilić se usprotivio primirju između Hrvata i Bošnjaka, a također se i protiv ukidanja Hrvatske Republike Herceg-Bosne, optužujući Gojka Šuška i Franju Tuđmana za izdaju.[12]
Po završetku rata napustio je vojsku. Godine 1997. uhapšen je i osuđen za ubistvo Roberta Nosića, vojnog policajca i pripadnika Hrvatskih obrambenih snaga iz Ljubuškog.[2] Naletilić je dvije godine proveo u zatvoru u Remetincu. Zbog zdravstvenih problema prebačen je u KBC Zagreb 14. novembra 1999. U martu 2000. Naletilić je izručen Haškom tribunalu, te je osuđen i osuđen na 20 godina zatvora za ratne zločine tokom hrvatsko-bošnjačkog sukoba. Dana 24. aprila 2008. godine prebačen je na izdržavanje kazne u Italiju. Prijevremeno puštanje na slobodu odobreno mu je 29. novembra 2012. godine, a Naletilić je 18. februara 2013. pušten iz zatvora, nakon što je odslužio dvije trećine kazne.[13]
Odmah nakon što je izašao iz zatvora, u Hrvatskoj je protiv njega pokrenut proces zbog poticanja na ubistvo Damira Brekala, te je 2020. godine pravomoćno osuđen na još tri i po godine zatvora.
Preminuo je na odjelu Sveučilišne kliničke bolnice u Mostaru, gdje je smješten ranije zbog posljedica srčanog udara.
