PROFILPELAJAR.COM

HELLS
Identifikatori
Aliasi	HELLS
Vanjski ID-jevi	OMIM: 603946 MGI: 106209 HomoloGene: 50037 GeneCards: HELLS
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 10 (čovjek)
Kraj	94,613,905 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 19 (miš)
Kraj	38,959,495 bp
Obrazac RNK ekspresije
	Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• nucleotide binding; • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine; • ATP binding; • GO:0008026 helicase activity; • hydrolase activity;
Ćelijska komponenta	• pericentric heterochromatin; • Primarno suženje; • jedro;
Biološki proces	• lymphocyte proliferation; • ćelijski ciklus; • pericentric heterochromatin assembly; • maintenance of DNA methylation; • DNA methylation-dependent heterochromatin assembly; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • transcription, DNA-templated; • Ćelijska dioba; • multicellular organism development; • metabolizam;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	3070
	15201
	ENSG00000119969
	ENSMUSG00000025001
	Q9NRZ9; Q76H82
	Q60848
NM_018063; NM_001289067; NM_001289068; NM_001289069; NM_001289070;
	NM_001289071; NM_001289072; NM_001289073; NM_001289074; NM_001289075
	NM_008234
NP_001275996; NP_001275997; NP_001275998; NP_001275999; NP_001276000;
	NP_001276001; NP_001276002; NP_001276003; NP_001276004; NP_060533; NP_001276000.1; NP_001276000.1
	NP_032260
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Limfoidnospecifična helikaza (Lsh) je član porodice helikaza SNF2 proteina hromatinskog remodeliranja koju kod ljudi kodira gen HELLS.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 838 aminokiselina, а molekulska težina 97.074 Da.^[5]

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MPAERPAGSG	GSEAPAMVEQ	LDTAVITPAM	LEEEEQLEAA	GLERERKMLE
KARMSWDRES	TEIRYRRLQH	LLEKSNIYSK	FLLTKMEQQQ	LEEQKKKEKL
ERKKESLKVK	KGKNSIDASE	EKPVMRKKRG	REDESYNISE	VMSKEEILSV
AKKNKKENED	ENSSSTNLCV	EDLQKNKDSN	SIIKDRLSET	VRQNTKFFFD
PVRKCNGQPV	PFQQPKHFTG	GVMRWYQVEG	MEWLRMLWEN	GINGILADEM
GLGKTVQCIA	TIALMIQRGV	PGPFLVCGPL	STLPNWMAEF	KRFTPDIPTM
LYHGTQEERQ	KLVRNIYKRK	GTLQIHPVVI	TSFEIAMRDR	NALQHCYWKY
LIVDEGHRIK	NMKCRLIREL	KRFNADNKLL	LTGTPLQNNL	SELWSLLNFL
LPDVFDDLKS	FESWFDITSL	SETAEDIIAK	EREQNVLHML	HQILTPFLLR
RLKSDVALEV	PPKREVVVYA	PLSKKQEIFY	TAIVNRTIAN	MFGSSEKETI
ELSPTGRPKR	RTRKSINYSK	IDDFPNELEK	LISQIQPEVD	RERAVVEVNI
PVESEVNLKL	QNIMMLLRKC	CNHPYLIEYP	IDPVTQEFKI	DEELVTNSGK
FLILDRMLPE	LKKRGHKVLL	FSQMTSMLDI	LMDYCHLRDF	NFSRLDGSMS
YSEREKNMHS	FNTDPEVFIF	LVSTRAGGLG	INLTAADTVI	IYDSDWNPQS
DLQAQDRCHR	IGQTKPVVVY	RLVTANTIDQ	KIVERAAAKR	KLEKLIIHKN
HFKGGQSGLN	LSKNFLDPKE	LMELLKSRDY	EREIKGSREK	VISDKDLELL
LDRSDLIDQM	NASGPIKEKM	GIFKILENSE	DSSPECLF

Funkcija

Pokazalo se da gen HELLS ima ključnu ulogu u metilaciji DNK, pakiranju hromatina, kontroli Hox gena, proliferaciji matičnih ćelija i razvoju limfoidnog tkiva.

U embrionu u razvoju, epigenetičko programiranje se kontrolira mehanizmima metilacije DNK i organizacije hromatina. Ovi procesi su glavni regulatori koji određuju koji se geni uključuju ili isključuju tokom razvoja. Lsh, protein kodiran genom HELLS glavni je regulator obrazaca metilacije i stoga je ključan za normalan razvoj fetusa.

Mutacije i nokauti gena HELLS ozbiljno remete proces fetusnog programiranja. Kod miševa je izbacivanje gena HELLS rezultiralo smrću embriona pri rođenju i uzrokovalo zaostajanje embrionskog rasta. Kod ljudi, hipometilacija uzrokovana mutacijom u HELLS genu povezana je sa sindromom 4 anomalije lica (ICF4), koji je usredotočen na imunodeficijenciju. Ovo je rijetka bolest koja uzrokuje imunodeficijenciju, anomalije lica, usporavanje rasta, neuspjeh u razvoju i psihomotornu retardaciju. Štetni učinci zbog odsutnosti i mutacije gena HELLS rezultat su opsežnog gubitka široke genomske metilacije i abnormalne ekspresije ponavljajućih sekvenci. Poremećaji u obrascima metilacije mogu uzrokovati utišavanje gena ili prekomjernu ekspresiju gena, što dovodi do abnormalnih, a u nekim slučajevima i fatalnih razvojnih posljedica.

Ovaj gen kodira limfoidno specifičnu helikazu. Druge helikaze funkcioniraju u procesima koji uključuju razdvajanje DNK lanca, uključujući replikaciju, popravak, rekombinaciju i transkripciju. Smatra se da je ovaj protein uključen u ćelijsku proliferaciju i da može imati ulogu u leukemogenezi. Opisane su alternativne varijante transkripta, ali njihova biološka valjanost nije utvrđena.^[6]

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000119969 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000025001 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "UniProt, Q9NRZ9". Pristupljeno 3. 9. 2021.
^ "Entrez Gene: HELLS helicase, lymphoid-specific".

Dopunska literatura

Ohira M, Morohashi A, Nakamura Y, Isogai E, Furuya K, Hamano S, et al. (juli 2003). "Neuroblastoma oligo-capping cDNA project: toward the understanding of the genesis and biology of neuroblastoma". Cancer Letters. 197 (1–2): 63–8. doi:10.1016/S0304-3835(03)00085-5. PMID 12880961.
Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (april 1996). "A "double adaptor" method for improved shotgun library construction". Analytical Biochemistry. 236 (1): 107–13. doi:10.1006/abio.1996.0138. PMID 8619474.
Hillier LD, Lennon G, Becker M, Bonaldo MF, Chiapelli B, Chissoe S, et al. (septembar 1996). "Generation and analysis of 280,000 human expressed sequence tags". Genome Research. 6 (9): 807–28. doi:10.1101/gr.6.9.807. PMID 8889549.
Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, et al. (april 1997). "Large-scale concatenation cDNA sequencing". Genome Research. 7 (4): 353–8. doi:10.1101/gr.7.4.353. PMC 139146. PMID 9110174.
Sun LQ, Lee DW, Zhang Q, Xiao W, Raabe EH, Meeker A, et al. (maj 2004). "Growth retardation and premature aging phenotypes in mice with disruption of the SNF2-like gene, PASG". Genes & Development. 18 (9): 1035–46. doi:10.1101/gad.1176104. PMC 406293. PMID 15105378.
Yano M, Ouchida M, Shigematsu H, Tanaka N, Ichimura K, Kobayashi K, et al. (oktobar 2004). "Tumor-specific exon creation of the HELLS/SMARCA6 gene in non-small cell lung cancer". International Journal of Cancer. 112 (1): 8–13. doi:10.1002/ijc.20407. PMID 15305370. S2CID 9416948.
Xi S, Zhu H, Xu H, Schmidtmann A, Geiman TM, Muegge K (septembar 2007). "Lsh controls Hox gene silencing during development". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (36): 14366–71. Bibcode:2007PNAS..10414366X. doi:10.1073/pnas.0703669104. PMC 1955459. PMID 17726103.
Fan T, Hagan JP, Kozlov SV, Stewart CL, Muegge K (februar 2005). "Lsh controls silencing of the imprinted Cdkn1c gene". Development. 132 (4): 635–44. doi:10.1242/dev.01612. PMID 15647320.
Dennis K, Fan T, Geiman T, Yan Q, Muegge K (novembar 2001). "Lsh, a member of the SNF2 family, is required for genome-wide methylation". Genes & Development. 15 (22): 2940–4. doi:10.1101/gad.929101. PMC 312825. PMID 11711429.

Vanjski linkovi

"HELLS (Helicase, Lymphoid-Specific)". Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology. Arhivirano s originala, 3. 9. 2021. Pristupljeno 3. 9. 2021.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000119969 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000025001 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[UniProt-5] "UniProt, Q9NRZ9". Pristupljeno 3. 9. 2021.

[entrez-6] "Entrez Gene: HELLS helicase, lymphoid-specific".

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]