Trenerskim poslom počeo se baviti 2006, Bari je 2009. uveo u Serie A, dok je isti uspjeh imao i sa Sienom dvije godine kasnije.
Juventus
Godine 2011. Conte je postao novi trener Juventusa.[1] S Juventusom je osvojio tri titule zaredom primijenivši formaciju 3-5-2 te okončao post Juventusa koji do te 2012. nije osvojio titulu još od 2003. U tom periodu Juventus je počeo dominaciju najjačom italijanskom ligom, koja će trajati i nakon njegovog odlaska s kormila Juventusa. U svakoj godini treniranja Juventusa Conte proglašen je najboljim trenerom u Italiji.
Italija
U augustu 2014. postao je selektor nogometne reprezentacije Italije. S Italijom se plasirao na Evropsko prvenstvo 2016, a povukao se s kormila reprezentacije nakon ispadanja s Eura poslije utakmice protiv Njemačke koja je završena 6-5 na penale. Iako su mnogi navijači željeli da Conte ostane, odlučio se na odlazak s klupe reprezentacije.
Chelsea
Conte (podignute ruke) na otvorenom treningu Chelseaja, pet dana prije njegove prve utakmice u Premijer ligi
U aprilu 2016. potpisao je trogodišnji ugovor sa Chelseajem. Već u prvoj sezoni osvojio je titulu, a Chelsea je tada oborio rekord s najviše pobjeda u jednoj sezoni: 30 u 38 utakmica. Sezona 2017/18. nije bila toliko uspješna, pa je Chelsea završio na petom mjestu, bez učešća u Ligi prvaka. Conte je u julu 2018. otpušten.
Inter
Dana 31. maja 2019. objavljeno je da je Conte imenovan novim trenerom Intera, s kojim je u prvoj sezoni osvojio italijansko prvenstvo. Milanski klub napustio je u maju 2021.
