Юджийн Трин е избран за астронавт от НАСА на 5 юни1983 година, Астронавтска група Spacelab-3. Преминава курс на обучение по програмата Спейс шатъл, но поради катастрофата с Чалънджър не е включен в полетните графици. Реизбран е на 6 август1990 година, Астронавтска група USML-1. Участник в един космически полет.
Сумарно време в космоса – 13 денонощия 19 часа 30 мин. 04 сек.
Научна дейност в НАСА
През 1999 г. Трин започва работа като специалист в НАСА, Лаборатория за реактивни двигатели. В продължение на 20 г. работи в научния департамент на агенцията. Директор на секцията по физика на НАСА.