През 1514, на 19-годишна възраст, Андагоя отива в Централна Америка и участва в завоевателната експедиция на Педро Ариас де Авила, която включва над 2000 души на 22 кораба, и която подчинява на испанската корона днешните земи на Панама, Коста Рика и части от Колумбия.
На следващата година Андагоя се завръща в Панама поради разклатеното си здраве и донася вестта за съществуването на огромната империя на инките в Перу. На следващата година Франсиско Писаро, Диего де Алмагро и други, опиянени от радостните новини донесени от Андагоя, предприемат първата експедиция към Перу, но успяват да достигнат само до днешната територия на Еквадор.
Следващи години (1524 – 1548)
През 1530 г., се заселва в Санто Доминго. През 1539 Андагоя е назначен за управител на областта Попаян в Западна Колумбия, която длъжност заема до 1542 и по това време открива най-удобния и кратък търговски път от платото Кундинамарка до Тихияокеан през Централните и Западните Кордилери, по долината на река Каука до залива Буенавентура.
През последните години от живота си Андагоя участва в завоевателните походи в Перу.