Неутралната теория за молекулярната еволюция е влиятелна теория, предложена за пръв път по провокативен начин от японския биолог Мотоо Кимура в края на 60-те и началото на 70-те години на 20 век. Според тази теория, преобладаващата част от промяната в генните (алелните) честоти в популацията не се дължи на действието на естествения отбор, а по-скоро на генетичния дрейф и е свързана с промяна на честотите на гени, които не са свързани пряко с адаптивността на индивидите, носители на тези гени, т.е., тази промяна е селективно неутрална. Въпреки че е била възприемана от някои като аргумент против еволюционната теория на Дарвин, основана на естествения отбор, самият Кимура е бил на мнение, споделяно в наши дни и от повечето еволюционни биолози, че двете теории са съвместими. „Теорията не отрича ролята на естествения отбор при определянето на посоката на адаптивната еволюция“ (Кимура, 1986). Неутралната теория придава значителна роля на генетичния дрейф.
