Той е вторият син на 3. княз Гюнтер Фридрих Карл II фон Шварцбург-Зондерсхаузен (1801 – 1889) и първата му съпруга принцеса Каролина Ирена Мария фон Шварцбург-Рудолщат (1809 – 1833), дъщеря на принц Карл Гюнтер фон Шварцбург-Рудолщат (1771 – 1825) и принцеса Луиза Улрика фон Хесен-Хомбург (1772 – 1854). Баща му Гюнтер Фридрих Карл II се жени втори път на 29 май 1835 г. в Йоринген за принцеса Матилда фон Хоенлое-Йоринген (1814 – 1888). Матилда превръща княжеството на културен център.
Баща му Гюнтер Фридрих Карл II абдикира на 17 юли 1880 г., поради напредналата си възраст и болест на очите, в полза на своя син наследствения принц Карл Гюнтер, който оставя управлението на своя държавен министър.[2]
През 1906 г. Карл Гюнтер е тежко ранен при лов и последните си три години боледува на легло. Карл Гюнтер фон Шварцбург-Зондерсхаузен умира без наследници на 78 години на 28 март 1909 г. във Вайсер Хирш до Дрезден и е погребан в княжеската капела на църквата „Тринитатис“ в Зондерсхаузен.
През 1909 г. Гюнтер Виктор фон Шварцбург-Рудолщат управлява двете княжества в Персоналунион като княз фон Шварцбург.
Kurt von Priesdorff: Soldatisches Führertum. Band 9, Hanseatische Verlagsanstalt Hamburg, o. O. [Hamburg], o. J. [1941], DNB 986919780, S. 109 – 110, Nr. 2770.
Meyers Konversationslexikon 1885 – 1892.
Brockhaus' Konversationslexikon 1894 – 1896.
H. F. Apfelstedt: Das Haus Kevernburg-Schwarzburg von seinem Ursprunge bis auf unsere Zeit. Verlag: Müllerott, Arnstadt 1996. ISBN 3-910132-29-4.
Christa Hirschler, Ulrich Hahnemann: Das Fürstliche Haus Schwarzburg-Sondershausen. Deutsche Fürstenhäuser, Heft 10. Börde-Verlag, Werl 2004, ISBN 3-9809107-0-9
~L'Allemagne dynastique, Huberty, Giraud, Magdelaine. III 563.
Europäische Stammtafeln, Band I, Frank Baron Freytag von Loringhoven, 1975, Isenburg, W. K. Prinz von. Page 161.
~The Royal House of Stuart, London, 1969, 1971, 1976, Addington, A. C. 326.