Йоахим Ернст (II) фон Анхалт-Десау (на немски: Joachim Ernst (II) von Anhalt-Dessau, 28 юли 1592 в Десау, † 28 май 1615 в Десау) от род Аскани е наследствен принц на Анхалт-Десау.

Той е първият син на княз Йохан Георг I фон Анхалт-Десау (1567–1618) от Анхалт-Десау и първата му съпруга Доротея фон Мансфелд-Арнщай (1561–1594), дъщеря на Йохан Алберт VI, граф фон Мансфелд в Арнщайн.

Йоахим Ернст започва на 18 години активна военна служба и участва победоносно във войните на Рейн. Той се бие под командването на чичо му Христиан фон Анхалт-Бернбург на Маас и при обсадата на Лиеж. През 1604 г. е номиниран за полковник.

Йоахим Ернст умира преди баща си от едра шарка на 22 години. Преди това той предсказал точно дена и часа на смъртта си. Погребан е в дворцовата църква Мария в Десау.

• Gerhard Heine: Geschichte des Landes Anhalt und seiner Fürsten, S. 130 f., Köthen, 1866
• Johann C. Hönicke: Urkundliche Merkwürdigkeiten aus der Herzogl. Schloß- und Stadtkirche..., S. 74 ff.
• Ascania 6: Joachim Ernst von Anhalt-Dessau, genealogy.euweb.cz