Роден е на 29 юли1537 година. Той е син на фрайхер Йохан Киприан фон Тун (1501 – 1573) и първата му съпруга Хелена фон Глоес. Баща му се жени втори път за Анна Фукс фон Фуксберг. Внук е на Антон Мария фон Тун († 1522) и втората му съпруга Геновефа фон Волкенщайн († сл. 1484), дъщеря на минисингер фрайхер Освалд фон Волкенщайн († 1493/1495, певец, поет, композитор, политик) и Барбара фон Траутзон. Потомък е на Зигмунд фон Тун († 1467) и на Симон фон Тун.
Зигмунд фон Тун има три сестри: Леонора фон Тун, омъжена за Констант Лихтенщайн, Ева, омъжена за Маркус фон Хоенембс, и Фелицитас, омъжена за Балтазар фон Рамшванг.
Зигмунд фон Тун се жени за Анна Кристина Фукс фон Лебенберг († 1590). Те имат 18 деца:[1][2]
Анна Хелена фон Тун, омъжена за Хилпранд Раймберт фон Глоес
Кристоф Валтер фон Тун
Йохан Киприанус фон Тун-Хоенщайн (* 26 август 1569; † 15 декември 1630), 1629 г. имперски граф фон Хоенщайн, женен за Анна Мария фон Прайзинг
Георг Зигмунд фон Тун (* 23 февруари 1573; † 26 април 1651), женен I. за Еуфемия фон Клес (20 октомври 1581 – 1604), II. (1593) за Геновефа фон Тун, III. за Мария Барбара фон Фирмиан († 7 февруари 1661)
Кристоф Симон фон Тун (* 12 септември 1582; † 1633/27 март 1635), граф на Тун
Филип Ернст фон Тун
Ева Леонора фон Тун, омъжена за Матеус фон Аненберг
Маргарета фон Тун, омъжена за Удалрих Хендл
10 деца фон Тун
Литература
Genealogisches Handbuch des Adels Band XIV, Band 131 der Gesamtreihe, C. A. Starke Verlag, Limburg (Lahn) 2003, ISSN– 2408 0435 – 2408, S. 429 – 432.
Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich 1856 – 1891 (many volumes), Wurzbach, Constant de.