Ернст II фон Глайхен-Харбург (на немски: Ernst II von Gleichen und Harburg; * ок. 1152; † 1170 обезглавен) от рода на графовете на Глайхен, е граф на Глайхенщайн (1152 – 1170), бургграф) граф на Харбург при Айхсфелд (1154), фогт на манастир Героде в Айхсфелд (1157), основава манастир Райфенщайн (1162).[1]
Ернст II фон Глайхен се жени за Гуда († сл. 1191). Бракът е бездетен.[2][3]
От 1152 до 1170 г. Ернст II заедно с брат си Ервин II фон Глайхен е граф на Глайхенщайн. През 1162 г. граф Ернст II фон Глайхен основава цистерцианскияманастир Райфенщайн в Клайнбартлоф в окръг Айхсфелд и го заселва с монаси от манастир Фолкенрода. През 1165 г. замъците Харбург и Рустеберг са разрушени при конфликтите между архиепископите на Майнц и ландграфовете на Тюрингия. През 1170 г. Ернст II фон Глайхен-Харбург попада в плен на ландграфовете от Тюрингия и е обезглавен.[4]
Caspar Sagittarius II, Gründliche und ausführliche Historia der Graffschaft Gleichen. Verleger: Frantz Varrentrapp, Frankfurt am Mayn 1732, Reprint Verlag Rockstuhl, Bad Langensalza 2009, ISBN 978-3-86777-092-7
Die ältesten Grafen von Gleichen auf dem Eichsfelde. In: Zeitung für den Deutschen Adel., 3. Jahrgang 1842, Nr. 75 – 77
Hans Tümmler: Die Geschichte der Grafen von Gleichen von ihren Ursprung bis zum Verkauf des Eichsfeldes ca 1100 – 1294. Neustadt an der Orla 1929
Detlev Schwennicke, Europaische Stammtafeln, New Series, Vol. XIX, Tafel 98.