Емилия се омъжва на 4 ноември 1638 г. в Рудолщат за Лудвиг Гюнтер (1581 – 1646) от фамилията Шварцбург, граф на Шварцбург-Рудолщат. Тяхната резиденция е във Франкенхаузен. Той умира на 4 ноември 1646 г. в Рудолщат. Емилия поема на 32 години опекунството и управлението на Шварцбург до 1667 г. за синът им Алберт Антон. Тя назначава за дворцов майстор писателя Ахасвер Фритч, който през управлението на нейния син се издига на канцлер.
От 1663 г. тя живее в замък Кьонитц. Графиня Емилия умира на 4 декември 1670 г. в замък Фриденсбург в Лойтенберг на 56 години.
Friedrich Apfelstedt: Das Haus Kevernburg-Schwarzburg von seinem Ursprunge bis auf unsere Zeit: dargestellt in den Stammtafeln seiner Haupt- und Nebenlinien und mit biographischen Notizen über die wichtigsten Glieder derselben, Bertram, Sondershausen 1890, ISBN 3-910132-29-4
Johann Christian August Junghans: Geschichte der schwarzburgischen Regenten, Leipzig 1821 E-Text
Heinrich Schöppl: Die Regenten des Fürstentums Schwarzburg-Rudolstadt, Rudolstadt 1915