Той е син на граф Йохан III фон Зафенберг-Нойенар († сл. 1397) и съпругата му Катарина фон Нойенар († сл. 1393), дъщеря наследничка на граф Вилхелм III фон Нойенар († 1353) и Йохана фон Елслоо († сл. 1377). Брат е на Крафто фон Зафенберг, господар на Томбург-Ландскрон († 1448), женен на 13 август 1404 г. за Елизабет фон Томбург († 1430), и Йохан IV фон Зафенберг († 1398/1400), женен на 21 декември 1397 г. за Катарина фон Шлайден († 1435/1441).
С Вилхелм фон Зафенберг-Нойенар през ок. 1424 г. измира линията на графовете на Зафенберг-Нойенар. Наследен е от дъщеря му Катарина.
Фамилия
Вилхелм фон Зафенберг-Нойенар се жени между 9 май и 14 септември 1403 г. или 1405 г. за Матилда фон Райфершайт (* 1385/1386, † сл. 1445/1426), вдовица на Арнолд III фон Гьотерсвик († 9 май 1403), дъщеря на Райнхард фон Райфершайт-Гладбах, байлиф на Цюлпих († 1388) и Мария фон Лооц († 1408).[1] Те имат две дъщери:[2][3]
Катарина фон Зафенберг (* ок 1410; † сл. 1474), наследничка на части от Нойенар, Зафенберг и Гелсдорф, омъжена 3/4 юли 1419 г. за граф Филип фон Вирнебург († 1443)
