Антон Гюнтер II фон Шварцбург-Зондерсхаузен-Арнщат (на немски: Anton Günther II von Schwarzburg-Sondershausen zu Arnstadt; * 10 октомври 1653 в Зондерсхаузен; † 20 декември 1716 в Арнщат) е от 1666 г. граф на Шварцбург-Зондерсхаузен, от 1681 г. граф на Шварцбург в Арнщат, от 1697 г. княз на Шварцбург, граф на Хонщайн, господар на Зондерсхаузен, Арнщат и Лойтенберг.

Той е вторият син на граф Антон Гюнтер I фон Шварцбург-Зондерсхаузен (1620–1666) и съпругата му Мария Магдалена, родена пфалцграфиня на Биркенфелд (1622–1689), дъщеря на пфалцграф и херцог Георг Вилхелм фон Пфалц-Цвайбрюкен-Биркенфелд.

През 1666 г. той наследява баща си заедно с по-големия му брат Христиан Вилхелм (1647–1721). Техен опекун е чичо им Лудвиг Гюнтер II (1621–1681).

През 1681 г. братята разделят земята. Антон Гюнтер II става граф на Шварцбург-Арнщат. На 3 септември 1697 г. двамата братя са издигнати на имперски князе от император Леополд I. Приемането в имперския княжески съвет става едва през 1754 г. Саксонската курфюрстката и херцогска фамилия предизиква това закъснение.

Князът назначава тогава 17-годишен Йохан Себастиан Бах за свой органист в Арнщат.

След смъртта на Антон Гюнтер през 1716 г. Арнщат отива обратно на Христиан Вилхелм фон Шварцбург-Зондерсхаузен.

Антон Гюнтер II се жени на 7 август 1684 г. във Волфенбютел за принцеса Августа Доротея фон Брауншвайг-Волфенбютел (1666 – 1751) от род Велфи, дъщеря на херцог Антон Улрих фон Брауншвайг-Волфенбютел и съпругата му Елизабет Юлиана фон Холщайн-Норбург. Бракът е бездетен.

• Friedrich Apfelstedt, Börner u. Donhof: Heimathskunde für die Bewohner des Fürstenthums Schwarzburg-Sondershausen. 3. Tl. Geschichte des Fürstlich-Schwarzburgischen Hauses (1856) E-Book
• Friedrich Apfelstedt: Das Haus Kevernburg-Schwarzburg von seinem Ursprunge bis auf unsere Zeit. Betram, Sondershausen 1890 (Thüringer Chronik-Verl. Müllerott, Arnstadt 1996, ISBN 3-910132-29-4)

• House Laws of Schwarzburg
• Schwarzburg 6, www.genealogy.euweb.cz