Якоба фон Баден става рано сираче и расте в двора на чичо си херцог Албрехт V от Бавария в Мюнхен. На 14 септември 1584 г. е сгодена за лабилния Йохан Вилхелм, херцог на Юлих-Клеве-Берг и граф на Марк и Равенсберг и на 16 юни 1585 г. се омъжва за него в дворцовата капела в Дюселдорф. Бракът е бездетен.
През 1589 г. Албрехт V се разболява душевно. Тя има любовник, много по-младия амтман цу Монхайм Дитрих фон Хал. Якоба е затворена в кула на двореца в Дюселдорф. На 3 септември 1597 г. е намерена мъртва, вероятно е убита. През вечерта на 10 септември 1597 г. херцогинята е погребана без обществено присъствие в църквата Кройцхеренкирхе. На 23 март 1820 г. е преместена тържествено в цървата Ламбертус. Една къдрица от нейната коса се намира в градския музей на Дюселдорф.
Mark P. Lindo: Jacoba, Hertogin van Gulik, Kleef en Berg, geboren Markgravin van Baden: (Fragment uit de geschledenis van Gulik, Kleef en Berg.). – 1847. Digital
Geisenheimer: Jakobe von Baden: Vortr. im Bildungsverein zu Düsseldorf, 13. Nov. 1876. Essen 1876 (Digital)
Marlies Döring: Jacobe von Baden. Die weiße Frau im Schlossturm, Sutton Verlag, Erfurt 2010, ISBN 978-3-86680-676-4.
Markus Theodor von Haupt: Jacobe, Herzogin zu Jülich, geborne Markgräfin von Baden. Neve Gelehrten-Buchhandlung, Koblenz 1820
Rolf-Achim Mostert: Wirich von Daun Graf zu Falkenstein (1542 – 1598) – ein Reichsgraf und bergischer Landstand im Spannungsgefüge von Machtpolitik und Konfession, Diss. Düsseldorf: Heinrich-Heine-Universität, 1997.
Wilhelm Muschka: Opfergang einer Frau. Das Lebensbild der Herzogin Jakobe von Jülich-Kleve-Berg geborene Markgräfin von Baden, 1987, ISBN 3-921531-48-9.
Else Rümmler: Jacobe von Badens Schicksal. Land im Mittelpunkt der Mächte. Die Herzogtümer Jülich, Kleve, Berg, Ausstellungskatalog, Kleve, 1984, S. 444ff, ISBN 3-922384-46-3.
Felix Stieve: Jakobe, Herzogin von Jülich. Allgemeine Deutsche Biographie (ADB). Band 13, Duncker & Humblot, Leipzig 1881, S. 567 – 570.* Felix Stieve: Zur Geschichte der Herzogin Jakobe von Jülich, in: ZBGV 13 (1877), S. 1 – 197.