След окупирането на близкия Майнц от французите Фридрих Вилхелм фон Насау-Вайлбург бяга през 1793 г. от резиденцията дворец Кирххаймболанден в Байройт.
През 1806 г. Наполеон създава Херцогство Насау и Фридрих Вилхелм управлява от дворец Бибрих заедно с по-стария си с 30 години братовчед Фридрих Август фон Насау-Узинген (* 23 април 1738; † 24 март 1816), понеже тогава е ясно, че Фридрих Август ще остане без мъжки наследници.
Фридрих Вилхелм умира на 9 януари 1816 г. на 47 години от падане по стълбите в дворец Вайлбург. Братовчед му Фридрих Аугуст умира след няколко седмици на 24 март 1816 г. и Вилхелм Георг, синът на Фридрих Вилхелм, става херцог на Насау.