Франц Антон се жени на 5 февруари 1687 г. за Мария Анна Евсебия, графиня фон Кьонигсег-Аулендорф (* 1670; † 23 октомври 1716 в дворец Щетенфелс), дъщеря на граф Антон Евзебиус фон Кьонигсег-Аулендорф (1639 – 1692) и графиня Доротея Геновефа фон Турн († 1671). Те имат децата:[1]
∞ 1720 граф Франц Хуго фон Кьонигсег-Ротенфелс (1698 – 1772)
Франц Кристоф Антон (1699 – 1767), граф на Хоенцолерн-Хайгерлох, каноник в Кьолн и Страсбург, 1756 г. премиер-министър на Курфюрство Кьолн
Литература
Gustav Schilling: Geschichte des Hauses Hohenzollern in genealogisch fortlaufenden Biographien aller seiner Regenten von den ältesten bis auf die neuesten Zeiten, nach Urkunden und andern authentischen Quellen. Fleischer, Leipzig 1843, S. 228f., S. 274.