София Амалия се омъжва в двореца Глюксбург на 1 октомври 1643 г. за Фредерик III (* 18 март 1609, † 9 февруари 1670), крал на Дания и Норвегия от 1648 до 1670 г.[3], третия син на крал Кристиан IV от Дания (1577 – 1648) и първата му съпруга Анна Катарина фон Бранденбург (1575 – 1612).
София Амалия има влияние в политическите решения по време на управлението на нейния съпруг и по-късно при нейния син. Вдовишките си години тя прекарва в своя дворец „София Амалиенборг“ в Копенхаген, който е построен за нея между 1669 и 1673 г. София Амалия е погребана в катедралата Роскилде в Копенхаген.[4]
Принцеса София Амалия
Фредерик III и София Амалия
Кралица София Амалия
Дворец Амалиенборг
Деца
София Амалия и крал Фредерик III имат осем деца:[5]
