Роден е в 1879 година в град Велес, тогава в Османската империя. По-голям брат е на водача на солунските атентаториЙордан Попйорданов - Орце. Милан е първороден син в семейството на търговеца Георги и Султана Попйорданови във Велес. Освен брат си Орце, има и четири сестри Елена, Мария, Павлина и най-малката Олга. Сестрите му продължават рода, като създават семейства, а две от тях се установяват в България. Павлина се омъжва за брата на Павел Шатев. Наследник на семейството е и българският актьор Петър Попйорданов по линия на чичо му.
Гьошо Попйорданов в сградата на Военния съд в Солун, април - май 1903 година. Снимка от полицейското му досие, дело на Пол Зепджи
Като активен член на ВМОРО се включва в районната чета, която действа в Радовишко. Секретар е на четата на Алексо Поройлията, който поради суровия си нрав е сменен. Така от края на 1900 година Гоце Делчев избира Милан Попйорданов за нов войвода на четата.[3] През 1902 година се завръща във Велес, но разбира, че е бил предаден и решава да напусне града. При преминаването на Вардар, попада на засада и след престрелка умира на 23 години.[4][5]
На него е посветена народната песен „Болен ми лежи Миле Попйорданов“.[6] Първоначалното в песента се е пеело „Бог да го прости Миле Попйорданов. Како ми е легнал, нема да ми стане“. Днес е официален химн на град Велес.
