Мануел израства сред заговорите сред висшата аристокрация срещу крал Жуау II. Той е свидетел на убийствата и прогонването на много хора, сред тях и по-големия му брат Диего, херцог на Визеу, убит с кинжал лично от краля, заради участие в заговора от 1484 г. Когато през 1493 г. получава заповед да се представи пред Жуау II, той има основание да се притеснява, но кралят го обявява за свой наследник след смъртта на сина си Афонсу Португалски и провала на опитите да признае незаконния си син Хорхе.
Географски открития и основаване на Португалската империя
Тези събития правят Португалия богата от презморска търговия, като тя установява огромна световна империя. Мануел използва богатството, за да построи множество кралски сгради (в стил Мануелин) и да привлече учени, художници и музиканти в двора си. Установени са търговски договори и дипломатически съюзи с Китай и Персийската империя. През 1514 г. папа Лео X посреща монументално пратеничество от Португалия, водено от мореплавателя Трищао да Куня, за да се демонстрират новопридобитите богатства на Португалия пред цяла Европа. Крал Мануел призовава папата да обяви нов кръстоносен поход срещу Османската империя.
Призиви за кръстоносен поход срещу Османската империя
Вътрешната политика на крал Мануел I е насочена към установяването на абсолютна власт на монарха. Парламентът е свикан само три пъти за цялото му управление. Кралят провежда реформа на съдилищата и статута на градовете, модернизирана е данъчната система.
Религия и гонения
Мануел изразходва значителна част от доходите си, за да изпраща мисионери, като Франсиску Алвареш, в новите колонии и да изгражда внушителни религиозни сгради. Той прави опити да организира нов кръстоносен поход срещу Османската империя.
По искане на бъдещата кралица Изабела през декември 1496 г. Мануел I издава декрет за прогонване на евреите, местни и имигрирали от Испания след 1492 г., и за задължително кръщаване на всички деца. 20 000 евреи напускат страната през 1496 – 1498 г. Останалите са насилствено християнизирани, съгласно декрета от 19 март1497 г.
Тези действия са извършени по желание на испанските крале Исабела Кастилска и Фернандо Арагонски, като условие за брака му с тяхната дъщеря, принцеса Исабела Арагонска. Тя е вдовица на неговия племенник Алфонсу Португалски и по това време е наследница на обединената корона на Испания. В същото време Мануел I премахва юридическите различия между католици и покръстени евреи и тези, които приемат християнството, са защитени от преследванията. Въпреки това през 1506 г. в Лисабон е извършено голямо клане на евреи.
През 1506 г. папа Юлий II подарява на Мануел I, наградата на папите – Златна роза, а през 1514 г. папа Лъв X подарява втора роза, което прави Мануел първия получател на две папски награди.
Наука и изкуство
В двора на крал Мануел са привлечени учени и хора на изкуството от цяла Западна Европа и в страната процъфтява пищният архитектурен стил мануелин.
Икона стил мануелин с изображение на Мануел и Елеонора Австрийска като донатори в молитвена поза
Бракът на Мануел с Мария Арагонска пред св. Алексий худ. Гарсия Фернандес, 1541 г
Женитби и потомство
Изабела Арагонска умира при раждане през 1498 г., слагайки край на португалските амбиции да управляват в Испания, появили се още по времето на Жуау II. Мигел, малкият син на Мануел и Изабела, за известно време е наследник на Кастилия и Арагон, но той умира през 1500 г. Втората съпруга на Мануел, Мария Арагонска, също е испанска принцеса, но наследството преминава в по-голямата ѝ сестра Хуана Кастилска.
Първа съпруга – Изабела Арагонска (1470 – 1498), принцеса на Испания, вдовица на предишния престолонаследник на Португалия Афонсу Португалски; умира при раждане:
Мигел де Пас (1498 – 1500), принц на Астурия и наследник на Португалия и Испания
Втора съпруга – Мария Арагонска (1482 – 1517), принцеса на Испания; бракът е сключен на 30 октомври 1500 година