Река Канина извира на 1726 m н.в. от южното подножие на връх Свети Петър (1745 m) в рида Дъбраш на Западните Родопи. Отначало тече на запад в слабо наклонена и гъсто залесена долина. След устието на десния си приток река Вищерица завива на юг и долината ѝ става много дълбока, със стръмни и обезлесени склонове. В този участък наклонът на течението е много голям и Канина образува множество прагове и водопади. След село Марчево навлиза в Гоцеделчевската котловина, образува голям наносен конус и се влива отляво в река Места на 503 m н.в., на 2 km източно от Гоце Делчев.
Площта на водосборния басейн на реката е 234 km2, което представлява 6,79% от водосборния басейн на река Места. Средната надморска височина на басейна ѝ е 1400 m.
Част от водите на Канина и притока ѝ Вищерица се отклоняват към горното течение на река Доспат и съответно към язовир „Доспат“ посредством 7 водохващащи съоръжения и тунел под рида Дъбраш. В най-долното ѝ течение водите ѝ се използват за напояване.
