През 1266 г. той е сърегент на Маркграфство Бранденбург заедно с братята си Ото IV „със стрелата“ († 1308) и Конрад I († 1304; бащата на маркграф Валдемар). През 1273 г. тримата братя издават документ, в който пишат за преместването на манастир Мариензе в Хорин, както искал баща им.
Йохан II умира през 1281 г. и е погребан в църквата на основания от баща му през 1258 г. манастир Хорин, където през 1287 г. е погребана и съпругата му Хедвиг.