Елеонора се омъжва на 27 февруари 1670 г. в Лемберг за полския крал Михал Корибут Вишневецки (1640 – 1673). Народът не я обичал. След неговата смърт тя се връща през 1673 г. обратно в Австрия.
Нейният брат Леополд I позволява на Елеонора да се омъжи за старата си любов Карл V (1643 – 1690), херцог на Лотарингия, по-късният победител срещу турците. На 6 февруари 1678 г. те се женят във Винер Нойщат. Карл V става щатхалтер на Тирол и Предна Австрия и двамата са изпратени в дворцовия замък в Инсбрук. Елеонора никога не е ходила до Лотарингия.
Умира на 17 декември1697 година във Виена на 44-годишна възраст. Погребана е в гробницата Капуцинергруфт във Виена.
Елеонора Вишневецка, 1670
Саркофагът на Елеонора Австрийска в Капуцинергруфт, Виена
Constantin von Wurzbach: Habsburg, Eleonore Maria von Oesterreich. Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich. Band 6, Verlag L. C. Zamarski, Wien 1860, S. 161.
Constantin von Wurzbach: Habsburg, Maria Eleonora von Oesterreich. Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich. Band 7, Verlag L. C. Zamarski, Wien 1861, S. 46.