До пълнолетието си през 1435 г. Гюнтер VI е под опекунството на брата на майка му княз Георг I фон Анхалт-Цербст. Той има на младини финансови задължения. Един от синовете му, който като млад е в двора на курфюрст Фридрих II от Саксония, е отвлечен през нощта на 7 юли 1455 г. заедно със синовете на Фридрих Ернст и Албрехт от замъкАлтенбург, в прочутото „принцово отвличане“, от рицарКунц фон Кауфунген († 14 юли 1455) и хората му. Скоро след това всички са освободени и Кунц е екзекутиран.
Император Фридрих III дава на 30 ноември 1470 г. на Гюнтер и на сина му Йохан IV и неговите наследници, право за зърно, брашно, вино и бира да транспортират по Елба за Хамбург и да го продават там. Разрешено му е също да донесе обратно херинги, дрехи и други стоки. Заради тази привилегия той има конфликт с Хамбург. Гюнтер съобщава това на 27 ноември 1472 г. на императора. Императорът нарежда на 8 септември 1481 г. на Ернст, вече курфюрст на Саксония, и брат му вече херцог Албрехт III от Саксония и Майсен да разрешат спора.
Гюнтер VI фон Барби-Мюлинген умира на 19 ноември 1493 г. на 78 години и е погребан в Барби.
Фамилия
Ренесансовият дворец Гросмюлинген/Мюлинген
Първи брак: ок. 1441 г. с графиня Катерина фон Регенщайн-Бланкенбург († 20 януари 1455), дъщеря на граф Бернард IV фон Регенщайн-Бланкенбург († 1422/1423) и Агнес фон Шварцбург († 1435). Те имат пет деца:[1]
